09 2016 档案

haploview出现“more than two alleles”的解决方法
摘要：弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中一个SNP位点上存在两个以上的等位基因，haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因，因此我们要去掉超过两位等位基因的SNP才能做连锁分析。 解决方案一：针对vcf格式的文件； 用到命令：--min-alleles 2 阅读全文
posted @ 2016-09-09 09:16 橙子牛奶糖 阅读(2629) 评论(28) 推荐(2) 编辑
千人基因组计划数据库下载某段区域SNP
摘要：下载vcf文件： 方法一：进入ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/，直接下载相应染色体的vcf 方法二：进入http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/DataSlicer 阅读全文
posted @ 2016-09-08 17:07 橙子牛奶糖 阅读(8840) 评论(7) 推荐(2) 编辑

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