使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）

1、下载安装bedtools；

2、生成bed文件；标准的bed文件格式如下：

chr7    127471196  127472363  Pos1  0  +  127471196  127472363  255,0,0
chr7    127472363  127473530  Pos2  0  +  127472363  127473530  255,0,0
chr7    127473530  127474697  Pos3  0  +  127473530  127474697  255,0,0
chr7    127474697  127475864  Pos4  0  +  127474697  127475864  255,0,0

如果你只有染色体、起始位置和终止位置信息的话，也无大碍。不大标准但是不伤大雅的bed文件格式如下：

chr7    127471196  127472363 
chr7    127472363  127473530  
chr7    127473530  127474697  
chr7    127474697  127475864  

3、提取多个位置的vcf文件；

bedtools intersect -a myfile.vcf.gz -b mutil-region.bed -header > output.vcf