bcftools或vcftools提取指定区段或者多个指定位置的vcf文件（extract specified position ）

1、bcftools提取指定区段的vcf文件

下载安装bcftools

见如下命令：

bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf

　　注意：输入的vcf以gz格式存在，不然会报错：Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip

                  如何将vcf生成gz格式，见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式

 

2、vcftools提取多个指定位置（不是一段区域）的vcf文件

如果只想提取指定多个独立位置（specific position）的基因型（genotypes），则可以用到vcftools工具

（此段感谢健明兄特意提出来，语言描述的不是很清楚。）

命令行如下：

vcftools --gzvcf file.vcf.gz --positions specific_position.txt --recode --out specific_position.vcf

　　specific_position.txt的输入格式如下：

1 842013
1 891021
1 903426
1 949654
1 1018704

参考链接：https://www.biostars.org/p/162872/