plink提取指定样本和指定SNP的数据（keep，extract函数）

一、提取样本：

提取样本见命令行：

plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 

　其中，sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID，第二列为Within-family ID（IID）

同样的，如果是去除样本，则用参数“--remove”

二、提取SNP位点

plink --bfile file --extract snp.txt --make-bed --out snp 　　

 

其中，snp.txt的文件格式如下,一个SNP位点一行：

rs1

rs2

rs3