使用vcftools或者gcta计算群体间固定指数（Fixation index，FST）

下列所用到的数据均为千人基因组数据库

1、通过vcftools计算FST

命令行如下：

./vcftools --vcf input_data.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out pop1_vs_pop2

其中，input_data.vcf就是输入的vcf格式

population_1.txt的格式如下：

population_2.txt的格式同population_1.txt，只有一列sample名字的信息。

计算之后，会得到两个文件格式，分别为.log和.fst,如图下所示：

 

 

2、通过gcta计算FST

命令行如下：

gcta64 --bfile test --fst --sub-popu subpopu.txt --out test

其中，bfile文件W为plink二进制格式文件，后缀分别为.bed、.bim、.fam

subpopu.txt的输入格式如图下所示：

解释下subpopu.txt这三列的意思。第一列为样本数，第二列为样本的ID，第三列为每个样本对应的population（如CHB、GWD）

其中，CHB为其中一个population，GWD为另一个population。

 

得到的结果文件为.fst格式，如图下所示：

 

参考链接：

http://cnsgenomics.com/software/gcta/#Fst

http://vcftools.sourceforge.net/documentation.html