基因型比值比（genotypic odds ratio）和等位基因比值比（allelic odds ratio）的计算

基因型比值比（genotypic odds ratio）和等位基因比值比（allelic odds ratio）是两个不同的概念。一般而言，通过PLINK、GCTA等工具计算得到的比值比指的是等位基因比值比。

以下是基因型比值比和等位基因比值比的各自计算公式。假设有a/a，A/a，A/A三种基因型，对应的等位基因分别为a和A。

其各自的数值如下所示：

Genotype信息：

Genotype	a/a	A/a	A/A	Total
Case	n11	n12	n13	n1.
Controls	n21	n22	n23	n2.
Total	n.1	n.2	n.3	n

Allele信息：

Allele	a	A	Total
Cases	m11	m12	m1.
Controls	m21	m22	m2.
Total	m.1	m.2	2n

那么：
A/A相对于a/a的genotypic odds ratio=n13*n21/(n11*n23)
A/a相对于a/a的genotypic odds ratio=n12*n21/(n11*n22)
A相对于a的allelic odds ratio=m12*m21/(m11*m22)

需要注意的是，基因型比值比考虑的是不同基因型之间的比值，而等位基因比值比则专注于特定等位基因的比值。

下图是一个实例演示：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3154648/

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致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

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