liftOver报错:Deleted in new

使用命令${bin}/liftOver ${data}/hg19.bed ${bin}/hg19ToHg38.over.chain.gz ${data}/hg38.bed ${data}/hg38Unmap.bed对基因组坐标进行位置转换时,发现全部是Deleted in new的报错。

报错如下所示:

报错原因:输入文件的bed文件染色体号不是chr开头,如下所示:

解决方案:在染色体号那一列加上chr:

posted @ 2023-02-20 21:05  橙子牛奶糖  阅读(110)  评论(0编辑  收藏  举报