liftOver报错:Deleted in new
使用命令${bin}/liftOver ${data}/hg19.bed ${bin}/hg19ToHg38.over.chain.gz ${data}/hg38.bed ${data}/hg38Unmap.bed
对基因组坐标进行位置转换时,发现全部是Deleted in new的报错。
报错如下所示:
报错原因:输入文件的bed文件染色体号不是chr开头,如下所示:
解决方案:在染色体号那一列加上chr:
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