10X Single Cell: Specifying Input FASTQs error
使用以下命令时出现的报错:
cellranger count --fastqs=${fastq_dir} \
--transcriptome=${ref_dir}/Human_index \
--localcores=30 \
--sample=file1,file2 \
--id=disease
报错原因是我的fa文件命名方式为:
file1_1.fastq.gz, file1_2.fastq.gz
file2_1.fastq.gz, file2_2.fastq.gz
但是 cellranger 要求的 fastq 标准命名方式为:
[Sample Name]_S1L00[Lane Number]_[Read Type]_001.fastq.gz
Where Read Type is one of:
I1: Sample index read (optional)
I2: Sample index read (optional)
R1: Read 1
R2: Read 2
因此只需要把file1_1.fastq.gz, file1_2.fastq.gz,file2_1.fastq.gz, file2_2.fastq.gz 改为 cellranger 要求的 fastq 标准命名方式即可。
修改以后变为:
file1_S1_L001_R1_001.fastq.gz, file1_S1_L001_R2_001.fastq.gz
file2_S1_L001_R1_001.fastq.gz, file2_S1_L001_R2_001.fastq.gz
重命名后再跑以下脚本就没有问题了
cellranger count --fastqs=${fastq_dir} \
--transcriptome=${ref_dir}/Human_index \
--localcores=30 \
--sample=file1,file2 \
--id=disease
本文来自博客园,作者:橙子牛奶糖(陈文燕),转载请注明原文链接:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/16924743.html
【推荐】国内首个AI IDE,深度理解中文开发场景,立即下载体验Trae
【推荐】编程新体验,更懂你的AI,立即体验豆包MarsCode编程助手
【推荐】抖音旗下AI助手豆包,你的智能百科全书,全免费不限次数
【推荐】轻量又高性能的 SSH 工具 IShell:AI 加持,快人一步
· 分享一个免费、快速、无限量使用的满血 DeepSeek R1 模型,支持深度思考和联网搜索!
· 基于 Docker 搭建 FRP 内网穿透开源项目(很简单哒)
· ollama系列1:轻松3步本地部署deepseek,普通电脑可用
· 按钮权限的设计及实现
· Apache Tomcat RCE漏洞复现(CVE-2025-24813)