LDSC 运行 Partitioned Heritability 报错：ValueError: operands could not be broadcast together with shapes (1,210) (1,200)

运行以下命令时出现报错：

python ldsc.py --h2 file.sumstats.gz --ref-ld-chr baseline.,eQTL. --w-ld-chr weights.hm3_noMHC. --overlap-annot --print-coefficients --frqfile-chr 1000G. --out file

报错内容为：ValueError: operands could not be broadcast together with shapes (1,210) (1,200)

经过一番查找。

解决方案一：

把所有的annotation合并在一个文件的：

来源：https://github.com/omerwe/polyfun/issues/28

此方案在我这里行不通，即便合并了依旧有这个报错。

解决方案二：

剔除 eQTL annotation 中全部为 0 的组织，比如 Fallopian_Tube、Cervix_Ectocervix