gffread: 从基因组提取fa

使用命令gffread -w test.fa -g GRCh38.primary_assembly.genome.fa test.gff3即可实现。

输入文件test.gff3如下所示：

记住：第三类可以写：transcript, protein, cds。不能写其他的字符，不然提取不了。

得到的输出文件test.fa如下所示：