bedtools 定量表达：coverage 统计 reads 数（加-sorted参数）

最近做定量表达，使用了命令如下：

bedtools coverage -a all.bed -b file.sort.bam > file.coverage.txt

使用以上命令正常定量，但更多时候会出现Bus error或者Killed的报错；能不能正常运行，很大程度上取决于系统的资源。

后来，经老师提醒，我可以加个-sorted参数，如下所示：

bedtools coverage -sorted -a all.bed -b file.sort.bam > file.coverage.txt

加完-sorted参数后，运行贼快，一天就跑完了2650000 + 次运算。不加-sorted参数的话，大概要一周的时间才能运算完；

对了，需要注意的是，加-sorted参数的前提是bam和bed文件需要先sort；