报错：RSEM can not recognize reference sequence name chr1!（基因组的bam不能直接用rsem进行表达值计算）

今天使用单端测序的 bam 文件进行表达值calling，命令如下所示：

rsem-calculate-expression \
                        --alignments \
                        -p 8 \
                        file.sorted.bam \
                        /reference/rsem_ref/GRCh37/GRCh37 \
                        file

报错内容为：The SAM/BAM file declares less reference sequences (25) than RSEM knows (196520)! RSEM can not recognize reference sequence name chr1! -tag XM" failed! Plase check if you provide correct parameters/options for the pipeline!

检查以后才知道，虽然都叫bam，但是RSEM进行表达值calling的bam文件是比对到转录组的bam（transcriptome alignments），而非比对到基因组的bam（genomic alignments）。所以如果是比对到基因组的bam是不能用rsem直接计算表达值的，得转为fq再进行表达值计算。