使用QTLtools计算QTL时报错:gsl: simplex2.c:372: ERROR: non-finite function value encountered
跑以下命令时报错:
QTLtools cis --vcf file.vcf.gz --bed file.bed.gz --cov covariate.txt --permute 10000 --grp-best --window 100000 --out permutations.txt
其中,纳入的协变量有5个表型PC,5个基因型PC,性别,年龄,群体;
经测试,去掉群体的协变量以后,就可以正常工作了。
加上--exclude-covariates file.exc
参数即可去掉协变量:
QTLtools cis --vcf file.vcf.gz --bed file.bed.gz --cov covariate.txt --permute 10000 --grp-best --window 100000 --out permutations.txt --exclude-covariates file.exc
file.exc
文件如下所示(RACE 表示群体):
如果是去掉SEX,AGE,RACE协变量,则file.exc
文件改为如下所示:
本文来自博客园,作者:橙子牛奶糖(陈文燕),转载请注明原文链接:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/15137937.html