本周最新文献速递20210725

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文献题目： Distinction between the effects of parental and fetal genomes on fetal growth

不想看英文题目： 亲本和胎儿基因组对胎儿生长影响的迥异

杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)

研究意义： 出生体重是衡量胎儿发育的常用指标，其受胎儿基因组的直接影响和母体基因组的间接影响，可通过全基因组关联分析研究 (GWAS)阐明胎儿基因组和母体基因组对体重的遗传效应。

结论：

在儿童基因组中发现 156 个影响出生体重的基因座以及43 个次级信号（采用近似条件联合分析），在母本基因组中发现了 64 个影响后代出生体重的基因座以及14 个次级信号，在父本基因组中发现了 6 个影响后代出生体重的变异；
另外有 10 个变异位点与出生体长相关、7 个变异位点与 BMI 相关；
为了解析儿童基因组和亲本基因组各自对出生体重影响的迥异，对影响出生体重的所有变异进行分类，发现 66 个为影响出生体重的儿童基因组特异性位点，9 个为影响后代出生体重的父本基因组特异性位点，13 个为影响后代出生体重的母本基因组特异性位点；

影响儿童生长的父母本基因组特异性位点同时与三种血糖特征（HbA1c、空腹血糖、T2D）相关，其中包括典型的基因组印记基因 GLIS3，该基因主要在胎盘中表达，通过母本基因组传递；
之前文献报道成人特征与儿童生长表型（出生体重、出生身长和胎龄）相关，为了表征这种相关性是否具有因果关系，作者对成人特征与儿童生长表型进行多基因分险评分（PRS），发现仅基于母体基因组的血糖特征（HbA1c、空腹血糖、T2D） PRS 与出生体重和身长正相关，基于儿童基因组则呈负相关；
基于儿童基因组的 SBP 和高血压的 PRS 与出生体重和身长呈负相关；

亮点：

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41588-021-00896-x

公开的资料：

文献题目： Quantifying the contribution of Neanderthal introgression to the heritability of complex traits

不想看英文题目： 尼安德特人基因渗入对复杂性状遗传度的贡献

杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

研究意义： 欧亚人混有 2% 的尼安德特人（尼人）血统，但尼安德特人基因渗入对现代人类疾病的影响仍然不是很清楚。为此，作者量化了尼人渗入位点对 400 多个性状的遗传贡献。

结论：

使用 Sprime 算法识别现代人类的尼人渗入区域，并用 S-LDSC 进行分区遗传度分析，发现除了晒伤、肤色和晒黑表型，尼人渗入区域相关的表型大多数表现为遗传度耗竭；
与尼人渗入的位点相比，阿尔泰匹配的渗入位点（代表更为古老的变异位点）在大多数表型上表现为遗传度富集，说明古老位点贡献更多的遗传度；
对 405 个性状进行分区遗传度分析，发现尼人渗入区域显著富集在皮肤相关表型，而认知相关表型的遗传度则显著耗竭；
根据位点的作用方向对渗入位点进行分类，发现尼人渗入位点与脱发（q = 0.01）、更早的更年期（q = 0.04）、更大的肺容量（FVC，q = 0.03）和早起（q = 0.03）相关，且尼人渗入位点对厌食症 ( r f = -0.93%, q = 4 × 10 -5 ) 和精神分裂症 ( r f = -0.27%, q = 0.01）具有保护作用；
利用 SLDP 回归发现了更多潜在影响表型的尼人渗入区域，比如基因组区域（chr9：16641651−16787775，r = +0.83）与晒伤风险具有显著的正相关性，NMUR2附近的基因组区域（chr5：151745423−151931514）与早起倾向正相关，基因组区域（chr7：50649920-50739129，r = -0.84）与自身免疫性疾病负相关；

亮点：