报错:[E::vcf_parse_format] Number of columns at chrX:XX does not match the number of samples

跑以下命令时:

bcftools view -S samplelistname.txt file.vcf.gz -Ov > newfile.vcf

产生报错:[E::vcf_parse_format] Number of columns at chrX:XX does not match the number of samples

  • 报错原因:VCF文件不完整,可能是VCF文件传输过程中导致的文件缺失或损坏;或者上游生成该vcf文件时有错误;总之,VCF文件有问题。
  • 解决方法:去除这一个位点或者重新传输/生成vcf文件
posted @ 2021-07-21 22:27  橙子牛奶糖  阅读(483)  评论(0编辑  收藏  举报