报错:[E::vcf_parse_format] Number of columns at chrX:XX does not match the number of samples
跑以下命令时:
bcftools view -S samplelistname.txt file.vcf.gz -Ov > newfile.vcf
产生报错:[E::vcf_parse_format] Number of columns at chrX:XX does not match the number of samples
- 报错原因:VCF文件不完整,可能是VCF文件传输过程中导致的文件缺失或损坏;或者上游生成该vcf文件时有错误;总之,VCF文件有问题。
- 解决方法:去除这一个位点或者重新传输/生成vcf文件
本文来自博客园,作者:橙子牛奶糖(陈文燕),转载请注明原文链接:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/15041910.html