本周最新文献速递20201220

本周最新文献速递

一 (这篇文献是读者发给我的，希望我解读一下，交个差)

文献题目： Parallel selection on a dormancy gene during domestication of crops from multiple families

不想看英文题目： 休眠基因在作物驯化过程的平行选择研究

杂志和影响因子： Nat Genet（27.603 1区）

研究意义：

野外环境中，如果所有种子在第一次降雨或温暖的季节后同时发芽，不利于该物种的繁衍、生存。通过延迟发芽或者种子不同步发芽，可避免物种受到一次性大规模伤亡。

但对于驯化的作物来说，种子同步发芽，可确保均匀成熟并方便作物管理，该现象称为种子休眠减弱。种子休眠减弱为驯化综合征的一项重要内容。

迄今为止，尚未报道不同作物休眠基因的平行驯化研究。

结论：

1）全基因组关联研究（GWAS）鉴定了大豆绿皮相关的位点SNP1128991(g.53229579 A> G)和基因Glyma.01G198500；

2）FST、 π 和 XP-CLR 等多种自然选择方法显示大豆绿皮相关位点基因型G所在区域受到选择，揭示其可能与驯化相关；

3）采用同样的方法，结果表明水稻和番茄的G直系同源蛋白也受到选择，表明G直系同源物在多种作物的驯化过程中受到平行选择；

4）通过拟南芥的研究进一步表明G直系同源蛋白控制种子休眠，且功能比较保守；

5）酵母双杂交表明G通过与NCED3、PSY相互作用，调节脱落酸形成，进而影响种子休眠；

文章链接：

DOI: 10.1038/s41588-018-0229-2

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30250128/

公开的资料：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=PRJNA407820

二

文献题目： Cerebellar nuclei evolved by repeatedly duplicating a conserved cell-type set

不想看英文题目： 小脑核通过重复复制保守的细胞类型集而进化

杂志和影响因子： Science（41.845 1区）

研究意义： 大脑由简单到复杂，是如何进化而来？

结论：

1）对小鼠、鸡和人的小脑核进行单核RNA测序（snRNAseq），STARmap空间转录组分析等，小鼠的snRNAseq发现了3种抑制性细胞类型和15种兴奋性细胞类型，兴奋性细胞按照基因表达和电生理特性可分为两大类；

2）小鼠STARmap分析表明小脑核由亚核组成，每个亚核包含3个抑制性和2个兴奋性细胞类型；

3）鸡小脑核的snRNAseq和STARmap分析，进一步证实亚核是小脑核的进化单位，通过复制的方式形成新的脑区域；

4）人类的小脑核snRNAseq分析显示小脑核的内侧和中间保持原始小脑核的组成，较为古老。外侧则比较年轻，主要为兴奋性神经元，可能与认知等有关；

文章链接：

DOI: 10.1126/science.abd5059

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33335034/

三 数据库介绍

文献题目： Systematic evaluation of the effects of genetic variants on PIWI-interacting RNA expression across 33 cancer types

不想看英文题目： 系统评估33种癌症类型中遗传变异对PIWI相互作用RNA表达的影响

杂志和影响因子： Nucleic Acids Res（11.501 1区 ）

研究意义： PIWI相互作用RNA（piRNA）是RNA干扰家族成员，与mRNA沉默或者降解有关，在体细胞和癌组织中起着重要作用，目前还没有数据库提供SNP和piRNA之间的eQTL分析。

结论：

1）从The Cancer Genome Atlas（TCGA）数据库收集了33种癌症、10 997个样本。

2）数据类型包括基因型和piRNA表达数据。

3）使用线性回归在肿瘤组织（76 924 831）和正常组织（24 431 061）中鉴定了数百万对SNP-piRNA。

4）结合差异表达、生存分析、全基因组关联研究（GWAS），全面解读鉴定的cis-piRNA eQTL的功能。

数据库网址：

piRNA-eQTL（http://njmu-edu.cn:3838/piRNA-eQTL/）

文章链接：

DOI: 10.1093/nar/gkaa1190

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33330918/

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