本周最新文献速递20200920

本周最新文献速递

一

文献题目： Identification of a Core Module for Bone Mineral Density through the Integration of a Co-expression Network and GWAS Data

不想看英文题目： 整合共表达网络和GWAS鉴定骨密度核心模块

杂志和影响因子： Cell Rep（8.109 1区 ）

分析方法： 首先通过WGCNA构建共表达网络模块，对模块进行基因本体论（GO）富集分析，随后挑选出GO中与骨骼相关的基因，最后结合GWAS发现的基因进一步鉴定核心基因。

结论：
1）通过WGCNA构建了65个共表达网络，每个模块平均有266个基因。
2）共表达网络模块的GO分析与免疫应答、mRNA代谢、染色质重塑、Wnt信号传导、细胞外基质蛋白、骨骼发育、成骨细胞分化等过程相关。其中，Wnt信号传导、细胞外基质蛋白、骨骼发育、成骨细胞分化与骨骼相关。
3）65个共表达网络模块中，有13个模块的基因富集在骨密度GWAS中，其中紫色模块的表现最为显著；
4）下载新的骨密度GWAS数据集重复前面工作，新GWAS数据集依旧支持紫色模块是骨密度的核心基因模块；
5）紫色模块富集了成骨细胞功能相关的基因，该模块的基因可被分为两个转录谱。一个是早期分化子模块（EDS），一个是晚期分化子模块（LDS）。LDS子模块比EDS子模块有更高的生物学意义，比如LDS子模块基因更加富集在GWAS上、GO富集结果更多与骨骼相关。
6）使用GTEx的eQTL数据，对LDS子模块的基因进行共定位分析，鉴定了四个基因（B4GALNT3，CADM1，DOCK9和GPR133）、5个变异。

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32937138/

公开的资料：

GEO：GSE134081

二

文献题目： A shared genetic contribution to breast cancer and schizophrenia

不想看英文题目： 乳腺癌和精神分裂症的共享遗传分析

杂志和影响因子： Nat Commun（12.121 1区 ）

样本量： 3,937,114位女性

结论：
1）罹患乳腺癌和未罹患乳腺癌的女性中，乳腺癌患者有更高的比例（0.56％）被诊断为精神分裂症。
2）对乳腺癌和精神分裂症做多基因风险评分（PRS），乳腺癌风险相关的位点能解释0.37％的精神分裂症，精神分裂症相关的位点能解释1.04％的乳腺癌。
3）91个精神分裂症显著相关的SNP，同时与乳腺癌显著正相关。
4）140个乳腺癌显著相关的SNP，与精神分裂症没有相关性。
5）19p13基因座上的rs2965183与乳腺癌和精神分裂症均正相关。

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32934226/

公开的资料：

数据：
http://bcac.ccge.medschl.cam.ac.uk/bcacdata/icogs-complete-summary-results/

代码：
https://github.com/donghaolu/bcascz

三

文献题目： An epigenome-wide association study identifies multiple DNA methylation markers of exposure to endocrine disruptors

不想看英文题目： 表观基因组关联分析研究鉴定内分泌干扰物的DNA甲基化标志物

杂志和影响因子： Environ Int（7.577 1区 ）

结论：
1）通过表观遗传关联分析研究，鉴定20个CpG与内分泌干扰化学物质（EDC）相关（p值<1×10-6）。
2）多重检验校正后，有4个CpG与EDC显著相关。
3）20个CpG位点同时与空腹血糖、糖化血红蛋白、血脂、血压等代谢性状显著相关。
4）整合基因表达数据，20个CpG影响46个基因的表达（FDR <5％）。
5）46个基因与毒理基因组学数据库（CTD）报道的EDC基因相互作用。

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32916427/

四

文献题目： Integrated genetic and epigenetic analyses uncover MSI2 association with allergic inflammation

不想看英文题目： 遗传和表观联合分析揭示MSI2与过敏性炎症相关

杂志和影响因子： J Allergy Clin Immunol（10.228 1区 ）

样本量：特应性炎症患者（126位），嗜酸性粒细胞分析（147位），正常鼻组织样本（18个）。

分析流程：

结论：
1）阈值设定为DNA甲基化差异β>1％，FDR<0.05时，分别有25132个CpG与特应性相关,46503个CpG与组织嗜酸性粒细胞相关。
2）整合GWAS数据和EWAS数据，鉴定出54,791和68,509个CpG-SNP对与特应性皮炎和组织嗜酸性粒细胞有关。
3）在富含差异甲基化位点的基因中，有4个基因（MSI2、JARID2、TRIO、ACOT7）和10个基因（RNF19A、CAMK1D、SLC45A4、ACOT7、PRDM16、NOTCH1、GJB2、ATAD3C、JAZF1和TG）分别在特应性皮炎和嗜酸性粒细胞中有更多的CpG-SNP对（SNP介导DNA甲基化变化）。
4）表型-基因型的关联分析表明：MSI2中rs877071和rs11652629与特应性皮炎显着相关。CAMK1D的rs7077423和rs7894890、SLC45A4的rs753778，rs10102728，rs7014062与嗜酸性粒细胞显著相关。
5）中介分析显示，cg05560635甲基化水平介导了rs11652629与特应性皮炎之间的相关性。

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32795589/