本周最新文献速递：癌症+狼疮+抑郁症+HDL遗传相关工具+高海拔鸣禽比较基因组学

本周最新文献速递

一

文献题目： Assessment of Polygenic Architecture and Risk Prediction Based on Common Variants Across Fourteen Cancers

不想看英文题目： 基于常见变异对十四种癌症进行多基因架构评估和风险预测

杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 11.878)

分析方法： 使用14种癌症疾病的GWAS摘要统计文件进行易感位点的多基因风险评估和效应值分布研究

结论： 14种癌症均表现出多基因效应，独立易感位点数量在1000到7500之间。随着GWAS的样本量增加，SNP解释的遗传力和多基因风险评分预测能力也随之增加。对于睾丸癌和肺癌，当遗传位点的解释度需达到80%时，cases样本量至少要求60,000例和1,000,000例。

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32620889/

公开的资料：

GWAS摘要结果文件：

http://practical.icr.ac.uk/

http://bcac.ccge.medschl.cam.ac.uk/bcacdata/oncoarray/gwas-icogs-and-oncoarray-summary-results/

http://practical.icr.ac.uk/blog/?page_id=8164

代码：

https://github.com/yandorazhang/CancerEffectSize

二 （这篇文章逻辑严谨，超喜欢这类文章，值得仔细研读！）

文献题目： Mapping Effector Genes at Lupus GWAS Loci Using Promoter Capture-C in Follicular Helper T Cells

不想看英文题目： 在卵泡辅助性T细胞中使用启动子Capture-C定位狼疮效应基因

杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 11.878)

结论： 卵泡辅助性T细胞（TFH）是狼疮（SLE）发育所必须的炎性白细胞。在TFH中找到91,222个开放染色质区域（OCR）, 有8％（190）的狼疮风险位点处于开放性染色质区域中。与随机基因对比，狼疮风险基因在TFH中表达更高。通过全基因组三维启动子Capture-C分析，进一步解释狼疮风险位点如何远程互作调控风险基因表达。

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32620744/

公开的资料：

GWAS摘要统计文件：

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gwas/summary_statistics/LangefeldCD_28714469_GCST00740

promoter-Capture-C：

https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-6621/

ATAC-seq：

https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-6617/

基因表达：

https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-6637/

三 （ “遗传变异+DNA甲基化+非编码RNA” 会发生什么故事）

文献题目： meQTL and ncRNA Functional Analyses of 102 GWAS-SNPs Associated With Depression Implicate HACE1 and SHANK2 Genes

不想看英文题目： 抑郁症相关风险位点的meQTL和ncRNA功能分析揭示HACE1和SHANK2基因对抑郁症的影响

杂志和影响因子： Clin Epigenetics (IF: 5.496)

分析方法： 使用limma进行cis-meQTL分析，野生型为“ 0”，杂合子和突变纯合子为“ 1”，并校正了年龄、性别和批次。ncRNA的eQTL分析：ncRNA表达水平为因变量，SNP显性模型、年龄和性别为自变量。使用http://epigenomegateway.wustl.edu/legacy/对meQTLs位点进行功能可视化

结论： 通过cis-meQTL分析，在发现队列中找到91对SNP-CpG（SNP基因型与CpG水平相关），其中64对SNP-CpG在重复队列中被重复出来。SNP-CpG对的进一步研究，发现全血中cg02098413的DNAm降低与HACE1基因中rs1933802的风险等位基因相关，cg02098413的甲基化水平与HACE1基因表达水平和抑郁症状呈正相关。将抑郁症风险位点与附近ncRNA（在SNP位点周围±500 kbp窗口）表达进行回归分析，发现四个风险位点为ncRNA的eQTL位点。

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32616021/

四 （新工具）

文献题目： High-definition Likelihood Inference of Genetic Correlations Across Human Complex Traits

不想看英文题目： 一种新的度量遗传相关性的工具：HDL

杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 25.455)

优势： 对比LDSC，HDL将遗传相关估计的方差降低了60％，相当于样本量增加了2.5倍。比LDSC估计的更准确。此外HDL能找到更多之前没有发现显著遗传相关的表型。总之，新工具更好，赶紧试起来吧。

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32601477/

工具链接：

https://github.com/zhenin/HDL/

五

文献题目： Comparative Genomics Reveals Evolution of a Beak Morphology Locus in a High-Altitude Songbird

不想看英文题目： 比较基因组学揭示了高海拔鸣禽中喙形态位点的进化

杂志和影响因子： Mol Biol Evol (IF: 14.797)

结论： 地面山雀（Ps. humilis）在青藏高原上生活了大约570万年，该物种因地面觅食和巢穴习性的长期选择进化出细长的喙。对14种鸟类进行了全基因组分析，确定了25个与喙长度显着相关的基因组区域，7个与骨形态发生和重塑相关的候选基因。中性选择表明，COL27A1基因在Ps. humilis种类中核苷酸多态性降低，而在其他鸟类物种中多态性较高，这可以解释喙长度长期受选择而发生的变化。此外，研究还发现COL27A1基因上有两个非同义有害突变可能促进喙的伸长。

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32592485/