本周最新文献速递20200607

本周最新文献速递

一

文献题目：Identification of Type 2 Diabetes Loci in 433,540 East Asian Individuals

不想看英文题目：43万东亚人的二型糖尿病遗传位点鉴定

杂志和影响因子：Nature (IF: 43.07)

样本量：77,418 case和356,122 control

分析方法：通过收集CKB，KBA，BBJ三个数据库的二型糖尿病和健康个体进行全基因组关联分析，随后按照1）性别分层；2）校正BMI、未校正BMI；3）欧洲、亚洲进行分层分析比较这几种情况是否有新的显著性位点出现。最后，将显著位点与eQTL位点进行共定位、注释，汇总显著位点在公共数据库其他代谢表型的关联结果。

结论：在183个基因座上有301个独立的显著信号与二型糖尿病相关，通过校正和不校正BMI、性别，总共发现了61个新的易感性位点。东亚和欧洲人群的比较分析结果表明常见变异的效应值在这两个群体高度相关。

文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32499647/

公开的资料：
http://www.kp4cd.org/dataset_downloads/t2d
https://blog.nus.edu.sg/agen/summary-statistics/t2d-2020/

二

文献题目：Effect of Short-Term Prescription Opioids on DNA Methylation of the OPRM1 Promoter

不想看英文题目：短期服用阿片类药物对OPRM1启动子DNA甲基化的影响

杂志和影响因子：Clin Epigenetics (IF: 5.496)

分析方法：对33名口服阿片类药物进行三次回访，收集唾液，测DNA甲基化，比较不同时期DNA甲基化发生的变化与阿片类药物剂量的相关性，评估候选基因OPRM1上的CpGs位点在三次随访中是否发生显著变化；

结论：按照患者阿片类药物累积量分为三组：< 25 MME, 25-90 MME, ≥ 90 MME。候选基因OPRM1上4个CpGs位点与阿片类剂量显著正相关，高剂量组在OPRM1启动子区上有9个CpGs位点甲基化比较高。

文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32493461/

公开的资料：GSE151485

三

文献题目：Transcriptomic Stratification of Late-Onset Alzheimer's Cases Reveals Novel Genetic Modifiers of Disease Pathology

不想看英文题目：迟发性阿尔兹海默症转录组学分层揭示疾病病理学新的遗传修饰

杂志和影响因子：PLoS Genet (IF: 5.224)

样本量：ROSMAP队列的623个大脑样本，Mayo队列的271个大脑样本，MSBB队列的364个大脑样本

分析方法：将大脑样本分为control样本和迟发性阿尔兹海默样本，随后进行基因模块共表达分析，鉴定与迟发性阿尔兹海默相关的模块，并在另外两个队列进行重复验证。全基因组测序的方法鉴定迟发性阿尔兹海默相关的遗传位点，整合遗传位点和模块基因的结果揭示迟发性阿尔兹海默的风险基因、疾病通路

结论：找到26个基因共表达模块，使用iterativeWGCNA剔除弱相关基因、并留下高度相关的基因后，重新生成68个子模块。68个子模块很好的将疾病区分为两个子类型，两种子类型的基因表达差异与炎症反应相关。整合基因模块和全基因组测序的结果，发现TMEM106B上的rs1990620G位点与迟发性阿尔兹海默显著相关。

文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32492070/

公开的资料：
https://adknowledgeportal.synapse.org/

四

文献题目：DNA Methylation Loci in Placenta Associated With Birthweight and Expression of Genes Relevant for Early Development and Adult Diseases

不想看英文题目：出生体重相关的DNA甲基化位点与早期发育和成人疾病相关

杂志和影响因子：Clin Epigenetics (IF: 5.496)

样本量：301个个体

分析方法：甲基化+RNASEQ结合鉴定出生体重相关的甲基化位点和基因

结论：15个CpGs的甲基化与出生体重相关，结合RNASEQ的结果，发现其中四个CpG位点（26.7％）的甲基化与15个基因相关。15个基因中的FOSL1与出生体重之间存在显着的负相关（r = − 0.25，p = 0.03），说明较低的FOSL1表达与较高的出生体重相关。功能注释的结果表明该基因涉及胎儿发育。

文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32493484/

公开的资料：
dbGaP：phs001717.v1.p1