查找感兴趣的基因、基因组区域是否有调控元件的在线网页工具EpiRegio

前几天，Nucleic Acids Res新发了一篇文章，关于查找基因组调控元件的网页在线工具EpiRegio：https://epiregio.de/。

具体来说，该工具有以下三个功能：

1）通过给定一系列的感兴趣基因，查找调控基因的元件；
2）通过给定一系列基因组区域，查找该区域是否有调控元件；
3）通过给定一系列调控元件，查找被元件调控的基因；

下面，我们来看一下这三个功能的输入和输出：

1、通过给定一系列的感兴趣基因，查找调控基因的元件

进入网站：https://epiregio.de/geneQuery/

基因的输入很简单，接受“gene symbol” 或 “ensembl ID”两种输入格式。

接受输入一个或者多个基因，当输入多个基因时，文件格式如下图所示，一行一个基因，文件的后缀为csv或txt：

按如下截图输入基因后，点击Query Database

结果如下所示，会显示该基因上有多少个调控元件，调控元件的起始、终止位置，调控元件的功能是抑制还是激活，在什么组织中发挥调控作用。

2、通过给定一系列基因组区域，查找该区域是否有调控元件；

进入网站：https://epiregio.de/regionQuery/

基因组的输入格式也很简单，只需要输入染色体编号、起始区域、终止区域即可。

接受输入一个或者多个基因组区域，当输入多个区域时，文件格式如下图所示，一行一个基因组区域，文件的后缀为csv或txt或bed：

按如下截图输入基因组区域后，点击Query Database

结果如下所示，会显示输入的基因组区域有哪些调控元件，调控元件的起始、终止区域，调控元件的功能是抑制还是激活。

3、通过给定一系列调控元件，查找被元件调控的基因；

进入网站：https://epiregio.de/REMQuery/

输入格式为REM号，当输入多个REM号时，文件格式如下图所示，一行一个REM号，文件的后缀为csv或txt：

按如下截图输入REM号或者文件后，点击Query Database

结果如下所示，会显示输入的REM号在基因组的哪些区域上，以及调控元件的起始、终止区域，调控元件的功能是抑制还是激活。

另外，需要注意的是，该网站出现的所有位置都是hg38版本。

感兴趣的查看原文链接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa382/5847772
题目：EpiRegio: analysis and retrieval of regulatory elements linked to genes