GWAS后续分析：LocusZoom图的绘制

LocusZoom图几乎是GWAS文章的必备图形之一，其主要作用是可以快速可视化GWAS找出来的信号在基因组的具体信息：比如周围有没有高度连锁的位点，高度连锁的位点是否也显著。

下面是locuszoom的示例图：

下面具体讲讲如何实现Locuszoom的绘制

1、进入Locuszoom的主页

http://locuszoom.org/

2、进入Locuszoom的主页后，点击single plot

 

3、按如下图操作

第一步：上传关联分析结果的文件，plink格式的话是assoc.logistic或者assoc.linear。注意：这个文件必须是只含SNP位点的GWAS结果，要把协变量的结果去除掉。

第二步：选择P值所在列的名称，以Plink格式为例，P值所在列的名称为P，也可以点击右方的PLINK data

第三步：同第二步的设置，填写SNP所在的列的名称。

 

 

​4、指定展示的区域，三选一，可以是SNP，也可以是基因，也可以是区域。

5、选择你所研究的群体的基因组版本（hg18/hg19）

EUR表示欧洲，ASN表示亚洲，AMR表示美洲，AFR表示非洲。

6、最后，点击Plot data，然后就等着收图了。