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2018年6月30日

【转录组入门】5：序列比对

摘要： 作业要求： 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。 接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好， 阅读全文

posted @ 2018-06-30 22:26 微凉charles 阅读(6124) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【转录组入门】4：参考基因组和注释文件

摘要： 作业要求： 在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业，截图几个基因的IGV可视化结构！还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了 阅读全文

posted @ 2018-06-30 21:27 微凉charles 阅读(16162) 评论(0) 推荐(0) 编辑