anova 的替代非参数方法

Kruskal-Wallis 测试是一种非参数方法,用于比较三个或更多个独立样本的中位数是否存在显著差异。在R语言中,你可以使用kruskal.test()函数来执行Kruskal-Wallis 测试。

以下是使用kruskal.test()函数的基本步骤:

  1. 准备数据:确保你的数据是向量或因子形式,并且每个向量代表一个组。

  2. 使用kruskal.test()函数:将数据作为参数传递给kruskal.test()函数。

  3. 查看结果:函数将返回一个列表,其中包含测试结果,包括p值。

下面是一个简单的示例,演示如何使用R语言进行Kruskal-Wallis 测试:

# 假设我们有三组数据,分别代表三个不同的处理组
group1 <- c(10, 12, 15, 18)
group2 <- c(8, 9, 11, 13)
group3 <- c(7, 8, 9, 10)

# 将数据合并为一个向量,并为每个值指定对应的组
data <- c(group1, group2, group3)
groups <- factor(rep(c("Group1", "Group2", "Group3"), each = length(group1)))

# 执行Kruskal-Wallis 测试
kruskal.test(data ~ groups)

在这个示例中,data是一个包含所有观测值的向量,groups是一个因子,指示每个观测值属于哪个组。kruskal.test(data ~ groups)会进行Kruskal-Wallis 测试,比较三个组的中位数是否存在显著差异。

输出结果将包括以下几个部分:

  • statistic:Kruskal-Wallis 统计量。
  • parameter:自由度。
  • p.value:测试的p值,用于判断组间差异是否显著。

如果p值小于常用的显著性水平(例如0.05),则可以认为至少有两个组之间存在显著差异。然而,Kruskal-Wallis 测试本身并不告诉我们哪些组之间存在差异。为了确定具体哪些组之间有显著差异,你需要进行后续的多重比较测试,如Dunn的测试。在R中,可以使用dunn.test包来进行这种多重比较。

结果阐述:
Kruskal-Wallis rank sum test(也称为Kruskal-Wallis H test)是一种非参数统计检验,用于检验两个或多个独立样本的分布是否存在显著差异。在R语言中,kruskal.test()函数用于执行此测试。

根据你提供的测试结果:

  • Kruskal-Wallis chi-squared: 这是Kruskal-Wallis检验的统计量,值为5.6263。
  • df: 表示自由度(degrees of freedom),在这个测试中,自由度等于组的数量减1,所以这里是2,意味着有两个比较组。
  • p-value: 检验的p值为0.06001。

如何解释这些结果:

  1. Kruskal-Wallis chi-squared: 这个值表示了组间排名的总体差异。数值越大,组间差异越大。

  2. df: 这里的自由度是2,意味着除了一个比较组之外,其他所有组都被考虑在内。

  3. p-value: p值是判断统计显著性的关键。如果p值小于常用的显著性水平(通常是0.05),则结果被认为是统计显著的,这意味着组间至少存在一个显著差异。在你的例子中,p值为0.06001,这大于0.05,因此我们不能拒绝零假设,即没有足够的证据表明组间存在显著差异。

结论:根据这个Kruskal-Wallis检验的结果,我们可以得出结论,没有足够的证据表明所比较的三个组的中位数存在显著差异。

后续步骤:尽管Kruskal-Wallis检验表明没有显著差异,但如果你仍然对组间可能存在的差异感兴趣,可以考虑进行后续的多重比较测试,比如使用Nemenyi后续测试,来确定哪些组之间的差异是显著的。在R中,可以使用pairwise.wilcox.test()函数或dunn.test()包来进行这种多重比较。

posted @ 2024-05-29 17:15  chen生信  阅读(113)  评论(0)    收藏  举报