将标准的iupac name转化成化学结构

结合上篇博文，下面我们写一小段测试代码，用于将标准的iupac name转化成化学结构

这段代码使用到了ChemOffice中的ChemScript12模块。

ChemScript12模块是一个商业模块，提供Python和.Net接口，在安装ChemOffice的时候选择安装ChemScript，同时安装Python25。

 1 from ChemScript12 import *
 2 
 3 name_file='./name.txt'
 4 sdf_file='./sdf_file.sdf'
 5 
 6 writer=SDFileWriter(sdf_file)
 7 
 8 for line in open(name_file):
 9     print line
10     mol=StructureData().LoadData(line,'name')
11     if writer.WriteStructure(mol)!=True:
12         print '\n\t---------------\n\tCannot open "'+line+'" as format: chemical/x-name\n\t---------------\n'
13 
14 writer.Close()

 

posted on 2013-07-17 15:58  无聊之时  阅读(436)  评论(0)  编辑  收藏  举报