孟德尔随机化结果解读
原发性胆管炎(ebi-a-GCST90061440):
留一图:
每次从数据集中剔除一个 SNP,然后使用剩余的 SNP 子集进行 MR 分析,从而得到一个没有该 SNP 的效应估计值。这个过程对于数据集中的每一个 SNP 都会执行一次。最后,我们可以比较留一法后的效应估计值与完整数据集的效应估计值,从而评估每个SNP对整体MR效应的贡献和稳定性。理想的结果是剔除后变化不大。
五种MR结果表:
MR method | β | SE | OR(95CI) | P值 |
---|---|---|---|---|
MR Egger | 0.07813774 | 0.04194888 | 1.081271583(1.036852~1.12759452) | 0.070460327 |
Weighted median | 0.05274289 | 0.02420465 | 1.054158576(1.028949~1.079985419) | 0.019149958 |
Inverse variance weighted | 0.03733770 | 0.01590096 | 1.038043509(1.021668~1.054681325) | 0.018867344 |
Simple mode | 0.06715295 | 0.04498053 | 1.069459039(1.02242~1.11866217) | 0.168177905 |
Weighted mode | 0.06932388 | 0.02591626 | 1.071783282(1.044364~1.099922959) | 0.009749848 |
逆方差加权法(inverse-variance weighted,IVW)、加权中位数法(weighted median,WME)和加权众数法(weighted mode,WM)方法表明,原发性胆管炎的SNP与胃癌关系显著。其中,IVW方法是主要的分析方法。
β:这是 SNP 与暴露或结局之间关系的估计效应值,代表着两者之间的关联强度和方向。
SE:效应量估计的标准误,标准误是计算置信区间和 p 值的关键变量。
OR:当暴露变量增加时,结局变量增加的比例比。
P值:统计显著性的 p 值。p 值用于评估 SNP 与暴露或结局之间关系的统计显著性。p 值越小,关系越可能是真实存在的。
散点图:
每个点代表一个 SNP。横坐标通常表示 SNP 的效应量,纵坐标表示暴露因子的效应量。如果暴露因子与结局变量之间存在因果关系,我们期望看到 SNP 的效应量与暴露因子的效应量之间存在线性关系。
森林图:
目的是看总效应
心血管疾病(ebi-a-GCST90029019):
留一图
五种MR结果表:
MR method | β | SE | OR(95%CI) | P值 |
---|---|---|---|---|
MR Egger | -0.5243095 | 0.5350968 | 0.591964(0.346662~1.010846) | 3.282817e-01 |
Weighted median | -0.9679407 | 0.2843917 | 0.3798645(0.285837~0.504822) | 6.651678e-04 |
Inverse variance weighted | -0.7819628 | 0.1807806 | 0.4575071(0.381844~0.548163) | 1.522012e-05 |
Simple mode | -0.7292129 | 0.6800196 | 0.4822884(0.244331~0.951997) | 2.847804e-01 |
Weighted mode | -1.0052914 | 0.4223337 | 0.365938(0.239878~0.558245) | 1.817901e-02 |
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