孟德尔随机化结果解读

原发性胆管炎(ebi-a-GCST90061440):

留一图:


每次从数据集中剔除一个 SNP,然后使用剩余的 SNP 子集进行 MR 分析,从而得到一个没有该 SNP 的效应估计值。这个过程对于数据集中的每一个 SNP 都会执行一次。最后,我们可以比较留一法后的效应估计值与完整数据集的效应估计值,从而评估每个SNP对整体MR效应的贡献和稳定性。理想的结果是剔除后变化不大。

五种MR结果表:

MR method β SE OR(95CI) P值
MR Egger 0.07813774 0.04194888 1.081271583(1.036852~1.12759452) 0.070460327
Weighted median 0.05274289 0.02420465 1.054158576(1.028949~1.079985419) 0.019149958
Inverse variance weighted 0.03733770 0.01590096 1.038043509(1.021668~1.054681325) 0.018867344
Simple mode 0.06715295 0.04498053 1.069459039(1.02242~1.11866217) 0.168177905
Weighted mode 0.06932388 0.02591626 1.071783282(1.044364~1.099922959) 0.009749848

逆方差加权法(inverse-variance weighted,IVW)、加权中位数法(weighted median,WME)和加权众数法(weighted mode,WM)方法表明,原发性胆管炎的SNP与胃癌关系显著。其中,IVW方法是主要的分析方法。
β:这是 SNP 与暴露或结局之间关系的估计效应值,代表着两者之间的关联强度和方向。
SE:效应量估计的标准误,标准误是计算置信区间和 p 值的关键变量。
OR:当暴露变量增加时,结局变量增加的比例比。
P值:统计显著性的 p 值。p 值用于评估 SNP 与暴露或结局之间关系的统计显著性。p 值越小,关系越可能是真实存在的。

散点图:


每个点代表一个 SNP。横坐标通常表示 SNP 的效应量,纵坐标表示暴露因子的效应量。如果暴露因子与结局变量之间存在因果关系,我们期望看到 SNP 的效应量与暴露因子的效应量之间存在线性关系。

森林图:


目的是看总效应

心血管疾病(ebi-a-GCST90029019):

留一图

五种MR结果表:

MR method β SE OR(95%CI) P值
MR Egger -0.5243095 0.5350968 0.591964(0.346662~1.010846) 3.282817e-01
Weighted median -0.9679407 0.2843917 0.3798645(0.285837~0.504822) 6.651678e-04
Inverse variance weighted -0.7819628 0.1807806 0.4575071(0.381844~0.548163) 1.522012e-05
Simple mode -0.7292129 0.6800196 0.4822884(0.244331~0.951997) 2.847804e-01
Weighted mode -1.0052914 0.4223337 0.365938(0.239878~0.558245) 1.817901e-02

散点图

森林图

posted @ 2024-07-02 11:51  checha  阅读(547)  评论(0编辑  收藏  举报