随笔分类 - 蛋白结构

PDB文件解读

摘要：1. 在PDB文件中，ATOM模块是记录蛋白质分子中原子坐标信息的模块，每一行代表一个原子的坐标信息。如下图所示是pdb文件的部分内容：第一列：记录原子的标识号；第二列：原子序号；第三列：原子名称；第四列：残基名称；第五列：链ID；第六列：残基序号；第7-9列：原子坐标；第10列：occupan 阅读全文

posted @ 2023-03-31 10:18 yayagogogo 阅读(2560) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Rosetta scoring

摘要：参考：https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/scoring/scoring 介绍 Rosetta有一个被称为ref2015（默认打分函数）的优化能量函数或打分函数，用于计算由L-氨基酸组成的球状蛋白质中所有原子相互作用的能量。还有阅读全文

posted @ 2023-03-11 21:01 yayagogogo 阅读(455) 评论(0) 推荐(0) 编辑

rosetta Resfile语法和约束

摘要：介绍参考：https://www.rosettacommons.org/docs/latest/rosetta_basics/file_types/resfiles resfile包含输入到PackerTask并控制Packer的信息。简单来说，就是指定了程序运行时对特定氨基酸进行特定设计。 AL 阅读全文

posted @ 2023-02-06 23:02 yayagogogo 阅读(177) 评论(0) 推荐(0) 编辑