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posted @ 2024-04-15 23:13 CASTWJ 阅读(1070) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 下载数据 基础知识 首先了解一下SRA数据库的架构: SRP(项目 Project)—>SRS(样本 Sample)—>SRX(数据产生 Experiment)—>SRR(数据本身) 国际上的三大生物数据库:SRA, ENA or DDBJ,分别在美国、欧洲、日本,它们之间的数据是同步的,所以可以在 阅读全文
posted @ 2024-04-15 23:12 CASTWJ 阅读(631) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 参考博客 https://zhuanlan.zhihu.com/p/377600056 https://www.jianshu.com/p/96688fecd864 https://zhuanlan.zhihu.com/p/676395563 查看质控 # 使用fastqc查看质控结果 fastqc 阅读全文
posted @ 2024-04-15 23:10 CASTWJ 阅读(25) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 参考博客 https://mp.weixin.qq.com/s/uwO9G_71h8kU3lTWsW_zPw https://www.jianshu.com/p/1a23656a0713 https://zhuanlan.zhihu.com/p/520071927 数据质控 fastqc -o 0_ 阅读全文
posted @ 2024-04-15 23:09 CASTWJ 阅读(181) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 准备基本的包 conda install -c bioconda snakemake samtools hisat2 trim-galore subread -y 准备数据 wget https://ftp.ensembl.org/pub/release-110/fasta/sus_scrofa/d 阅读全文
posted @ 2024-04-15 23:08 CASTWJ 阅读(74) 评论(0) 推荐(0) 编辑