摘要： 由于数据处理需要的软件有些老代码，需要安装python2，原服务器上已有python3，本想着使用源码包进行编译安装，奈何make时总是报如下错误，搞半天也没解决 或者 继续往下make install后程序也无法正常执行，于是索性使用apt方式进行安装，过程如下： 首先查看当前版本Ubuntu可支 阅读全文

摘要： 赋值 使用$() 例如：a=$(echo "hello world") 将命令echo “hello world”的输出赋值给变量a 字符串切片 使用cut [选项]... [文件]... -b ：以字节为单位进行分割； -c : 以字符为单位进行分割； -d 分隔符 : 使用指定分隔符代替制表符作 阅读全文

摘要： 通过find 路径 -name “包含的字符串” | grep -v “要过滤的字符串” | sort >> filePath.txt实现 其中“|”为管道符，表示前者的输出作为后者的输入 sort为排序 >>为追加输出 例如： find /mnt/test -name *.fa.gz | grep 阅读全文

摘要： 格式： for i in {1,2,3,4,5}do echo "${i}"done #首先设置所用程序的路径 samtools='samtools的路径' geneBody_coverage='geneBody_coverage.py的路径' bedFile='hg38_GENCODE_V42_C 阅读全文

摘要： 使用wget命令加下载链接进行下载 下载hg19注释文件: wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_41/GRCh37_mapping/gencode.v41lift37.annotation.gt 阅读全文

摘要： 本文将介绍在没有sudo权限的情况下如何从源代码编译和安装Python 首先，输入如下命令下载希望安装的版本的源代码，例如Python-3.12.1 wget https://www.python.org/ftp/python/3.12.1/Python-3.12.1.tgz 然后，输入如下命令解压 阅读全文

摘要： 最近部分工作需要在linux系统下操作，想着在自己本本上安装个虚拟机，废了九牛二虎之力安装好了VMware及Ubuntu系统，但是其在主机和虚拟机间共享数据不是很方便。于是又废了半天劲安装了VMware tools，设置了共享盘、并启动后自动挂载。一切搞定后，无意中发现windows下可以安装lin 阅读全文

摘要： 在shell脚本定义变量为 xx="xxx" 例如把一个路径或文件名定义为一个变量 inputPath="/mnt/RNASeq/Result" fileName="202308071824_210901003_2D230327074US2S2745DX" 在路径"/mnt/RNASeq/Resul 阅读全文

摘要： 在windows上通过ssh登录linux节点处理数据，使用MobaTextEditor编辑shell脚本后，在linux上运行总是报错找不到路径 报错 其根本原因是 windows下每一行的结尾符是\n\r，而linux下是\n，所以windows下编写的shell脚本拷贝到linux下时会多一个 阅读全文

摘要： data_frame = pd.read_csv(Filepath, encoding='utf8') 在使用上述代码读取csv文件时报错“UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xa1 in position 13: invalid 阅读全文