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01 2024 档案
linux shell脚本for循环批量对bam文件构建索引并绘制geneBody coverage曲线
摘要:格式: for i in {1,2,3,4,5}do echo "${i}"done #首先设置所用程序的路径 samtools='samtools的路径' geneBody_coverage='geneBody_coverage.py的路径' bedFile='hg38_GENCODE_V42_C 阅读全文
posted @ 2024-01-08 14:59 caicai2019 阅读(158) 评论(0) 推荐(0) 编辑
linux下载人基因组参考序列及注释文件
摘要:使用wget命令加下载链接进行下载 下载hg19注释文件: wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_41/GRCh37_mapping/gencode.v41lift37.annotation.gt 阅读全文
posted @ 2024-01-03 09:29 caicai2019 阅读(736) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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