05 2019 档案
python学习——通过命令行参数根据fasta文件中染色体id提取染色体序列
摘要：提取fasta文件genome_test.fa中第14号染色体的序列，其内容如下： 用python以及命令行参数实现 新建.py文件“”GetSeqFromChrID.py”， python脚本如下： 命令行参数输入如下：红色字体是输入部分 结果如下：
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python学习——把读取fasta文件的代码封装成函数
摘要：将读取文件的代码封装成函数，并使其作为模块可在其他程序运行 创建fasta_def.py文件，并输入如下代码： 新建一个test.py文件 输入如下代码调用上述模块fasta_def
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python学习——把计算GC含量的代码封装成函数
摘要：把代码封装成函数的好处是可以重复使用该段代码，并且会使代码结构清晰 例如要计算chr1以及chr2染色体的GC含量，代码如下：
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python学习——使用argparse参数解释器传递命令行参数
摘要：argparse是python中用于传递和解析命令行参数的模块，例如： 从cmd输入命令行 E:\15_python\DEBUG>python fasta_argparse.py -avg -min_len 50 100 10 200 40 回车得到 total length:300.00avera
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python学习——生成列表并修改其元素
摘要：以人类染色体个数为例： 通过range()函数快速生成一系列整数，将其一列表的形式存储；对其进行扩展；然后修改列表中的元素（染色体id）,生成Chr_形式 cmd终端python代码如下： 用VSCode编写python
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python学习——读取染色体长度（七：for循环对染色体序列进行反向互补）
摘要：对fasta文件genome_test.fa中的染色体序列进行反向互补，并输出到文件genome_test_RC.fa genome_test.fa >chr1ATATATATAT>chr2ATATATATATCGCGCGCGCG>chr3ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT
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