linux shell脚本for循环批量对bam文件构建索引并绘制geneBody coverage曲线

格式：

for i in {1,2,3,4,5}
do
　　echo "${i}"
done

#首先设置所用程序的路径
samtools='samtools的路径'
geneBody_coverage='geneBody_coverage.py的路径'
bedFile='hg38_GENCODE_V42_Comprehensive.bed文件的路径'
#然后，获取bam文件列表并进行排序
find $(pwd) -name *.MapGenome.sort.bam >./bam_list.txt
sort ./bam_list.txt -o ./bam_list.txt
#接着，对bam文件建立index
bam_list=$(cat ./bam_list.txt)
for filePath in $bam_list
do
  echo "$filePath"
  nohup $samtools index -b "$filePath" &
done
wait #等待对所有bam文件构建完索引后再执行后续命令
#最后，绘制geneBody_coverage曲线
$geneBody_coverage -r $bedFile -i ./bam_list.txt -o ./L09_L16_l25_e05_IDel_05
注 ./代表当前文件目录，某一个文件（或者目录）的查找路径是从当前目录“.”下面开始进行查找。