随笔分类 - linux
linux对文件内容去重，排序与不排序
摘要：方法一、使用awk加判断命令进行去重awk '!x[$0]++' file #注意awk后跟的命令是单引号，而非双引号，否则会认为是字符串上面的意思是首先创建一个 map 叫 x然后用当前行的全文 $0 作为 map 的 key，到 map 中查找相应的 value如果没找到，则整个表达式的值为真，
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linux中&和&&，|和||及分号(;)的区别
摘要：在linux中，经常会用到&和&&，|和||及分号(;)，但初学者经常会混淆，作为小白这里记录一下&和&&，|和||及分号(;)各自的说明和用法。 1.& & 表示程序要在后台运行。 方式：command1 & 2.&&&& 逻辑“与”，表示前一条命令执行成功时，才执行后一条命令；如果前面一条命令执
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linux下.gz文件的解压与压缩
摘要：Usage: gzip [OPTION]... [FILE]... Compress or uncompress FILEs (by default, compress FILES in-place). Mandatory arguments to long options are mandator
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vi编辑器命令
摘要：vi File 打开文件 o 启动编辑 键盘Esc按键退出编辑 Esc后，输入如下命令 :w 保存文件但不退出vi :w newfile 将修改另外保存到file中，不退出vi :w! 强制保存，不退出vi :wq 保存文件并退出vi :wq! 强制保存文件，并退出vi :q 不保存文件，退出vi
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linux(Ubuntu)安装python2.7和pip2
摘要：由于数据处理需要的软件有些老代码，需要安装python2，原服务器上已有python3，本想着使用源码包进行编译安装，奈何make时总是报如下错误，搞半天也没解决 或者 继续往下make install后程序也无法正常执行，于是索性使用apt方式进行安装，过程如下： 首先查看当前版本Ubuntu可支
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linux字符串处理与赋值
摘要：赋值 使用$() 例如：a=$(echo "hello world") 将命令echo “hello world”的输出赋值给变量a 字符串切片 使用cut [选项]... [文件]... -b ：以字节为单位进行分割； -c : 以字符为单位进行分割； -d 分隔符 : 使用指定分隔符代替制表符作
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linux查找某路径下包含某字符串并过滤掉特定字符串的文件
摘要：通过find 路径 -name “包含的字符串” | grep -v “要过滤的字符串” | sort >> filePath.txt实现 其中“|”为管道符，表示前者的输出作为后者的输入 sort为排序 >>为追加输出 例如： find /mnt/test -name *.fa.gz | grep
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linux shell脚本for循环批量对bam文件构建索引并绘制geneBody coverage曲线
摘要：格式： for i in {1,2,3,4,5}do echo "${i}"done #首先设置所用程序的路径 samtools='samtools的路径' geneBody_coverage='geneBody_coverage.py的路径' bedFile='hg38_GENCODE_V42_C
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linux下载人基因组参考序列及注释文件
摘要：使用wget命令加下载链接进行下载 下载hg19注释文件: wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_41/GRCh37_mapping/gencode.v41lift37.annotation.gt
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linux无sudo权限安装python
摘要：本文将介绍在没有sudo权限的情况下如何从源代码编译和安装Python 首先，输入如下命令下载希望安装的版本的源代码，例如Python-3.12.1 wget https://www.python.org/ftp/python/3.12.1/Python-3.12.1.tgz 然后，输入如下命令解压
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如何在windows系统下安装适用于linux的windows子系统
摘要：最近部分工作需要在linux系统下操作，想着在自己本本上安装个虚拟机，废了九牛二虎之力安装好了VMware及Ubuntu系统，但是其在主机和虚拟机间共享数据不是很方便。于是又废了半天劲安装了VMware tools，设置了共享盘、并启动后自动挂载。一切搞定后，无意中发现windows下可以安装lin
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shell脚本定义变量和文件路径拼接
摘要：在shell脚本定义变量为 xx="xxx" 例如把一个路径或文件名定义为一个变量 inputPath="/mnt/RNASeq/Result" fileName="202308071824_210901003_2D230327074US2S2745DX" 在路径"/mnt/RNASeq/Resul
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使用MobaTextEditor编辑的代码在linux上运行报错
摘要：在windows上通过ssh登录linux节点处理数据，使用MobaTextEditor编辑shell脚本后，在linux上运行总是报错找不到路径 报错 其根本原因是 windows下每一行的结尾符是\n\r，而linux下是\n，所以windows下编写的shell脚本拷贝到linux下时会多一个
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linux常用命令
摘要：1、cd命令用于切换当前工作目录至dirName（目录参数），dirName可为绝对路径也可为相对路径，如果省略dirName，则切换至使用者的home目录。 语法 cd dirName #：cd后接空格，再接目录参数 实例进入Desktop/test 代码如下： 可以 [ FJC@localhos
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