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sort函数是对数列本身进行排序，（升）order函数是对数列元素排序后在原数列中的位置进行确定。> j=scan()1: 22: 43: 54: 65: 16: 3> sort(j)[1] 1 2 3 4 5 6> order(j)[1] 5 1 6 2 3 4关系：sort(j)=j [order(j)] ##右边意义：对j中的位置进行检索，返回真值 阅读全文
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Adjust P-values for Multiple ComparisonsDescriptionGiven a set of p-values, returns p-values adjusted using one of several methods.Usagep.adjust(p, method = p.adjust.methods, n = length(p))p.adjust.methods# c("holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni", "B 阅读全文
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基本一、数据管理vector：向量 numeric：数值型向量 logical：逻辑型向量 character；字符型向量 list：列表 data.frame：数据框 c：连接为向量或列表 length：求长度 subset：求子集 seq，from:to，sequence：等差序列 rep：重复 NA：缺失值 NULL：空对象 sort，order，unique，rev：排序 unlist：展平列表 attr，attributes：对象属性 mode，typeof：对象存储模式与类型 names：对象的名字属性二、字符串处理character：字符型向量 nchar：字符数 substr： 阅读全文
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cummeRbundhttp://www.bioconductor.org/packages//2.10/bioc/html/cummeRbund.htmlAnalysis, exploration, manipulation, and visualization of Cufflinks high-throughput sequencing data.Bioconductor version: Release (2.10)Allows for persistent storage, access, exploration, and manipulation of Cufflinks high 阅读全文
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y<-read.table("clipboard",header=T)union(x, y) # 并集 iintersect(x, y) # 交集 setdiff(x, y) # 差集 setequal(x, y) # 集合是否相等 阅读全文
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> sink("intersect.txt") ####建立文件名 > length(intersect(dgeseq1[,1],cuff1[,1])) ####要输出的内容 > sink() ####输出要是输出的格式不是窗口显示的形式时：write.table(inter,"inter.txt",col.names=F,row.names=F,quote=F,sep="\t")、#inter:输出的内容#inter.txt:输出的文件名 阅读全文
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open READ,"<","G:/project-xiaomai/yourfile.txt"; readline READ; # skip the first line while (<READ>) { print $_; } close READ; 阅读全文
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几个Perl grep函数的示例1.统计匹配表达式的列表元素个数$num_apple=grep/^apple$/i,@fruits;在标量上下文里，grep返回匹配中的元素个数；在列表上下文里，grep返回匹配中的元素的一个列表。所以，上述code返回apple单词在@fruits数组中存在的个数。因为$num_apple是个标量，它强迫grep结果位于标量上下文里。2.从列表里抽取唯一元素@unique=grep{++$count{$_}<2} qw(abacddefgfhh); print"@unique\n"; 上述code运行后会返回：abcdefgh 即qw 阅读全文
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在数组中删除元素，除了可以用shift pop等处理一些特殊位置的数据，一般位置用undef $_等是不行的，虽然值不存在了，但index依然占用位置。比如说： @array = ('ray', 'loca', 'simon', 'ray'); 这里，我们想删除‘ray’这个元素。用下面的方法： foreach (@array){ if ($_ eq ray){ #undef $_; #$_=''; } } foreach(@array){ print $_."ok\n"; } 可以证明无论是u 阅读全文
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perl的map函数的使用：语法map EXPR, LISTmap BLOCK LIST定义和使用对list中的每个元素执行EXPR或BLOCK，返回新的list。对每一此迭代，$_中保存了当前迭代的元素的值。BLOCK是一个用{}包围的代码块。EXPR可以是子函数名、正则表达式等。LIST是输入列表。简单地说，Perl map函数就是起了一个替代foreach循环的作用，Perl map函数会把数组LIST中的元素挨个取出，放到系统变量$_中，然后调用BLOCK去处理。值得强调的是，除非有很特殊的理由，不要去修改$_的值，因为修改$_就是直接改了原始数组里的元素！返回值如果返回值存储在sca 阅读全文
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substr substr (expr, skipchars, length) 抽取字符串（或表达式生成的字符串）expr中的子串，跳过skipchars个字符，或者说从位置skipchars开始抽取子串（第一个字符位置为0），子串长度为length，此参数可忽略，意味着取剩下的全部字符。 当此函数出现在等式左边时，expr必须为变量或数组元素，此时其中部分子串被等式右边的值替换。substr() 函数的作用有两个：替换一部分子串。 删除一部分子串。my $i; $str="ABCDEFGH"; for($i=0;$i<6;$i++) { $word=substr($ 阅读全文
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foreach对数组每个元素取：###########注意到用到了$keymy @myNames = ('jacob', 'alexander', 'ethan', 'andrew');foreach $key (@myNames){ print "$key\n";结果：jacob alexander ethan andrew 阅读全文
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1.Perl数组(1): 1) 初始化数组 @array = ( "stringA" , "stringB" , "stringC" ); 2) 使用负索引循环检索 print $array[-1]; #输出索引为(-1 + 3) % 3 = 2 的 stringC 3) 动态增长 $array[4] = "stringD"; #虽然$array[3]还没有使用，但在动态赋值$array[4]的使用，已经对$array[3]赋空置 4) 动态增长后的负索引 print $array[-1]; #输出索引为(-1 + 阅读全文
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计算变量$array1[$i]中N的个数$numN=($array1[$i]=~s/N/#/g);print $numN,"\n";############后边括号中是正则表达式，是逻辑运算，如果为真为1，真被存在$_数组变量里，输出$变量，即为$_数组变量的元素个数 阅读全文
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.任意一个字符\n除外+重复>=1次*重复>=0次?重复<=1次$行尾[]字符类，匹配其中任意一个()组，在组中^$表行首行尾\d[0-9]\D[^0-9]\s空白字符\S[^\s]\w[0-9a-zA-Z]\W[^\w]\b单词边界//icase-insensitive//g多次匹配，函数pos记录其位置s///replaces///r返回替代结果但并不修改原来的值$_或用=~绑定的值s///e指明计算后的结果替代匹配的字符串 阅读全文
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假若我們要將比對到的字串，前後加上單引號，這裡一個特殊變數 $& 就是比對到的字串$str = "What a wonderful wonderful world."; $str =~ s/w/'$&'/g; # $str = "What a 'w'onderful 'w'onderful 'w'orld."假設我想把找到的結果全轉成大寫，一般的置換就傷透腦筋了，可是perl提供了不錯的解法，但是要使用函數，就得加上 e 修飾子：$str = "What a won 阅读全文
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Perl自带有排序函数sort，sort的用法主要有两种：for my $id (sort {$a <=> $b}keys %hash){}###这样写可以先对%hash里的keys值按数字排序后依次提取出来1. 直接使用@articles = sort @files;上述例子中，sort将依据标准的字符串排序法则对数组files里包含的元素进行排序。也就是说数组里定义的数字或者字母将被转换成ASCII码后进行排序。2.自定义排序法则@articles = sort {sub rule} @files;上述例子中的"sub rule"指的是自定义排序法则的子程序 阅读全文
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while(<IN>){ next if ($.<4); chomp $_; } 阅读全文
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use strict;use warnings;my($note,$med,@line,%hash);open IN,"<","G:\\tomato\\OUT\\yaofang.txt";@line=<IN>;print @line; 阅读全文
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my $attr='ID='.$fa[0].'path.gene;Name='.$fa[0].'path.gene.Note=transcript'; 阅读全文