Anaconda安装R及其环境配置

Anaconda安装R语言及其环境配置

在正常使用中，发现集群中自带R为3.5.1，很多packages装不上（会出现non-zero exist报错），并且没有管理员权限，只能在子系统下安装，因此考虑利用Anaconda3安装新版本R语言，参考该博客：

首先安装Anaconda

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh

利用Anaconda安装R语言及相关软件包 (参考https://cloud.tencent.com/developer/article/1966660)

配置conda,添加源

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda

conda info --envs # 查看环境
conda create -n r #创建名为r的独立运行的环境，这样不会由于不同程序的依赖关系而导致冲突；
source activate r #进入并激活名为r的环境
conda list   #查看当前安装的软件
conda install r-base=3.6.3  #安装R 指定为R版本为3.6.3
conda deactivate # 退出当前环境
conda remove --name r --all #移除r环境

conda create -n r_env r-essentials r-base r-environment
conda install -c bioconda bioconductor-biocinstaller
conda activate r-environment

安装python2

conda create  -n py27 python=2.7

装完bioconductor感觉大多数的包都可以搞定了！
结束后发现打开R发现依旧是3.5.1

在用户目录下.bashrc文件中加入这么一句alias Rconda='conda activate r_env'并激活

source .bashrc
Rconda
R

成功：