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library(shiny) library(DT) library(sparkline) library(tidyverse) data(iris) library(htmlwidgets) cb <- htmlwidgets::JS('function(){debugger;HTMLWidget 阅读全文
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这个问题是在我conda 装了一个包之后就出现了，ls等最基础的命令没有办法用了，网上的帖子也没有很好解决我的问题，而且我试了把我刚刚安的包删掉也没有解决，后面仔细分析一下这个报错，猜测应该是包安装的过程中本地conda中的一些依赖与系统中的一些起了冲突。通过 ldd /lib64/libacl.s 阅读全文
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在使用rgi heatmap 时候运行时候报错： rgi heatmap -i rgi_json/ --output rgi_heatmap -cat gene_family -clus samples 报错： Traceback (most recent call last): File "/gp 阅读全文
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利用conda 下载的abricate ,其数据库版本较老 abricate --list DATABASE SEQUENCES DBTYPE DATE megares 6635 nucl 2021-Mar-27 resfinder 3077 nucl 2021-Mar-27 card 2631 n 阅读全文
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今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp 阅读全文
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今天突然发现我的R studio 很多快捷键不能使用，后面发现是因为Rstudio 的快捷键与MobaXterm的快捷键起冲突了，后面关掉MobaXterm后就恢复了，如果有类似的问题可以在自己电脑打开的各个程序中使用你的快捷键，如果有反应可能就是这个程序的问题，可以关闭后再试一下。 阅读全文
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最近Github越来越不好用了，发现一个特别好用的镜像网站，无论是进入还是下载都非常的快。 https://hub.yzuu.cf/ 首页和Github没有任何区别， 注意请不要在连着梯子的时候使用，要不然会进不去 阅读全文
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#此处不要加 -g参数 , -g 是全局安装 npm install @jbrowse/cli #用npx 才能使用这个包，无法按照官方文档直接使用 npx jbrowse --version 阅读全文
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# 加载 ggplot2 包 library(ggplot2) # 加载数据 data <- data.frame(category = c("A", "B", "C", "D"), value = c(10, 20, 30, 40)) # 绘制饼图 ggplot(data, aes(x = "", 阅读全文
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1.使用samtools 去除重复 samtools sort -n -@ 20 file.bam |samtools fixmate -m -@20 - - |samtools sort -@ 20 |samtools markdup -r -@ 20 - - >file.rmdup.bam 2. 阅读全文