BPSO_Mynotes

摘要： 在NGS技术发展起来前指的是把一段DNA序列插入到大肠杆菌的基因组中，利用大肠杆菌的自我增殖和克隆达到扩增这一个DNA序列的目的。 在二代短序列高通量测序中这个插入片段体现在构建适当的DNA测序文库中，先利用超声或者酶切技术把细胞中提取出的一堆乱糟糟DNA打断后末端修复，把分叉的末端序列修平；然后跑 阅读全文

摘要： NextDenovo是用于三代测序reads（TGS reads）的基于字符串图（string graph）的基因组从头组装程序。 NextDenovo包含两个核心模块：NextCorrect和NextGraph， NextCorrect用于校正具有大约15％测序错误的TGS reads， Next 阅读全文

摘要： canu延续了celera Assembler工具的组装原理，采用Overlap-Layout-Consensus，也就是利用序列与序列之间的交叠进行组装。 第一步： 纠错(correct) 覆盖倍数越多，越能提供更多可靠的信息，对应修正碱基越有利 第二步： 修剪(trim) 移除低质量碱基。 第三 阅读全文

摘要： Lipoteichoic acid (LTA) is a major constituent of the cell wall of gram-positive bacteria. Lipopolysaccharides (LPS) are found in the outer membrane o 阅读全文

摘要： https://www.ebi.ac.uk/Tools/st/ #该工具比对结果和NCBI核苷酸翻译成蛋白质的结果不一样 http://www.novopro.cn/tools/translate.html #首选这个工具，和NCBI结果一致 https://mafft.cbrc.jp/alignm 阅读全文

摘要： Platanus, that can effectively manage high-throughput data from heterozygous samples. Platanus assembles DNA fragments (reads) into contigs by constru 阅读全文

摘要： 先删除文件a.txt中带有某个字符串xxx的所有行 a.txt sed -e '/xxx/d' a.txt 打印出来， 文件中包含关键字xxx的行都不会显示 如使用－i参数就是直接修改文件了 或 grep -v XXX a.txt 然后对已处理后的a.txt 多行变单行，删除空格 awk '{pri 阅读全文

摘要： Flye: 原始 PB / ONT reads 作为输入文件，输出 polished contigs文件 GenomeDataAsm.SizeNG50CPU timeRAM Human CHM1 PB 100x 2.8 Gb 18.8 Mb 2700 h 676 Gb CHM1 was run wi 阅读全文

摘要： 任务/程序运行后log文件报错：/my_path/daily_task.sh: line 19: 12364 Killed 原因：代码触发 out-of-memory (OOM) errors事件后，kernel杀死了进程 一般处理方法：查看/my_path/daily_task.sh文件的第19行 阅读全文

摘要： class查看第一层类别 > class(b) [1] "numeric" 写入csv write.csv(data, file = "data.csv") 参考来源： https://blog.csdn.net/niuruijun/article/details/79262330 https:// 阅读全文