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2019年12月10日

以_为分隔符显示第一个字符串所在列

摘要: cat 文件 |cut -d '_' -f 1 阅读全文

posted @ 2019-12-10 14:43 BPSO_mynotes 阅读(142) 评论(0) 推荐(0) 编辑

以_为分隔符,按分隔符后的第三个字符所在列排序(按该列数值从大到小排列)

摘要: sort -t_ -n -rk3 文件名 |less 参考来源: https://blog.csdn.net/chenxieyy/article/details/51332018 阅读全文

posted @ 2019-12-10 14:10 BPSO_mynotes 阅读(359) 评论(0) 推荐(0) 编辑

修改权限

摘要: chmod [who] [+ | - | =] [mode] 文件名 chmod o+r+w+x -R o 表示“其他(others)用户” + 添加某个权限 r 可读 w 可写 x 可执行 假如整个目录下的都改,则加-R参数用于递归。 参考来源: https://blog.csdn.net/ky0 阅读全文

posted @ 2019-12-10 10:59 BPSO_mynotes 阅读(177) 评论(0) 推荐(0) 编辑

md5批量校验

摘要: 生成某个目录文件的md5值,以/sbin为例 find /sbin -type f | xargs md5sum > sbin.md5参考来源:https://blog.csdn.net/weixin_43279032/article/details/86311422 阅读全文

posted @ 2019-12-10 10:36 BPSO_mynotes 阅读(608) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年12月9日

基因组注释

摘要: 基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。 (以下是全文引用:https://zhidao.baidu.com/question/2121860791201476347.html) 1:重复序列的识别。重复序列的研究背景和意义: 重复序列可分为串 阅读全文

posted @ 2019-12-09 16:24 BPSO_mynotes 阅读(2969) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GapCloser

摘要: gap填补工具 事实上,目前有很多工具能够直接使用测序reads,填补序列中N碱基空缺。 因此对于gap区域,我们可以首先拿N碱基连起来(具体多少数量的N,可以参照参考基因组来确定),然后再设法补洞。 例如SOAPdenovo套件中的GapCloser等,可以试一下,还是能填补不少的N空缺的。 #G 阅读全文

posted @ 2019-12-09 16:02 BPSO_mynotes 阅读(1275) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年12月5日

Endnote参考文献格式修改

摘要: 参考文献格式,如年份黑体,显示页码等 1. 编辑-输出样式-编辑目标样式-文献书目-模板-Journal Article 其他:在endnote界面下对导入的enw文件的内容上直接进行修改:如有些页码错误。可直接手工修改。 导入期刊完整名和缩写 2. 工具-打开术语表-Journals术语列表-列表 阅读全文

posted @ 2019-12-05 23:05 BPSO_mynotes 阅读(1982) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年12月4日

多行变单行

摘要: perl -pe '/^>/ ? print "\n" : chomp' in.fasta | tail -n +2 > out.fasta 参考来源: http://biotrainee.com/thread-291-1-1.html 阅读全文

posted @ 2019-12-04 22:40 BPSO_mynotes 阅读(198) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Trimmomatic, spfilter, cutadapt

摘要: Trimmomatic主要用来去除 Illumina 平台的 Fastq 序列中的接头,并根据碱基质量值对 Fastq 进行修剪。软件有两种过滤模式,分别对应 SE 和 PE 测序数据,同时支持 gzip 和 bzip2 压缩文件。 参考来源: https://www.jianshu.com/p/7 阅读全文

posted @ 2019-12-04 11:25 BPSO_mynotes 阅读(233) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年11月30日

EndnoteX9 参考文献不显示期刊问题

摘要: 1. 下载正确的EndNoteImport.enf文件 https://endnote.com/wp-content/uploads/plugins/filters/EndNote%20Import.enf 放入endnoteX9安装目录下filter文件夹替换原文件 2. 删除reference文 阅读全文

posted @ 2019-11-30 01:21 BPSO_mynotes 阅读(7759) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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