BPSO_Mynotes

摘要： 对目录下的所有gz文件： 1.gz 到 n.gz 建立脚本list.sh list.sh脚本内容： zcat 1.gz |head > 1.txt zcat 2.gz |head >> 1.txt zcat 3.gz |head >> 1.txt .. zcat n.gz |head >> 1.tx 阅读全文

摘要： 将source文件夹内的所有文件软连接到target目录 ln -s source/* target/ 参考来源： https://blog.csdn.net/sinat_29891353/article/details/69525388 阅读全文

摘要： 基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点 基于转录组预测(transcrip 阅读全文

摘要： Hi-C是高通量染色体构象捕获（High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C）技术的简称，开发于2009年，最初用于捕获全基因组范围内所有的染色质内和染色质间的空间互作信息，目前已应用于基因表达的空间调控机制研究、构建染色体水平参考基因组 阅读全文

摘要： 建库中有一步是： PCR扩增加了接头的DNA片段。 理想情况下，对打碎的基因组DNA，每个DNA片段测且仅测到一次。 但这一步扩增了6个cycle，那么每个DNA片段有了64份拷贝。将扩增后所有产物“洒”到flowcell，来自一个DNA片段的两个拷贝，可能会锚定在两个bead上，经过测序得到的这两 阅读全文

摘要： 1. 可由conda安装 2. 首先采用HiCPro自带的digest_genome.py程序获得消化片段的BED文件及chromosomes' size表格文件,需要限制酶酶切位点及参考基因组信息 3. 用bowtie2对falcon_contig.fasta建立索引 HiCPro先采用bowti 阅读全文

摘要： 在分子生物学中，转录因子（英语：Transcription factor）是指能够结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质，这些蛋白质能调控其基因的转录。 方法是转录因子可以调控核糖核酸聚合酶（RNA聚合酶，或叫RNA合成酶）与DNA模板的结合。 转录因子的本质是与DNA特异性结合的一系列蛋白质。 阅读全文

摘要： 读长指的是测序反应所能测得序列的长度，如果DNA序列长度高于读长，那么必须把DNA序列分割成长度在读长以内短序列才能测序。 一代测序双脱氧链终止法(Sanger法)的读长是1000bp，二代测序较低为50bp-300bp，三代可以达到5000bp以上，最长读长甚至能达到20kb，较长的读长也正是三代 阅读全文

摘要： 作为一种增加有限DNA量的方法，全基因组扩增技术于1992年出现，该方法特别适于法医学鉴定和遗传疾病的研究，以及如二代测序技术和CGH阵列（比较基因组杂交）等新技术应用，后者的主要难题就在于DNA样本数量有限，但分析需求量又很可观。目前业界已经开发出多种WGA技术，它们之间的实验方案和复制准确度有所 阅读全文

摘要： 全基因组鸟枪法测序是在获得一定的遗传及物理图谱信息的基础上，绕过bac克隆逐个排序的过程，将基因组DNA分解成2kb左右的小片段进行随机测序，辅以一定数量的10kb的克隆和bac克隆的末端测序，利用超级计算机进行整合进行序列组装的测序过程。 全基因组鸟枪法测序的主要步骤是： 第一，建立高度随机、插入 阅读全文