BPSO_Mynotes

摘要： 在地址栏输入 chrome://flags/#run-all-flash-in-allow-mode 在打开的页面Ctrl+F查找：flash，找到如下两个设置后下拉列表选择Enabled 参考来源： https://www.e-learn.cn/content/qita/2004757 阅读全文

摘要： 对初步组装进行polish 以FASTA和BAM文件作为输入，根据比对结果对输入的参考基因组进行提高，包括 单碱基差异 小的插入缺失(indels) 较大的插入缺失或者block替换 填充参考序列中的N 找到局部的错误组装 最后输出polish后的FASTA文件 利用第二代数据和第三代数据进行混装（ 阅读全文

摘要： run_BUSCO.py -i [组装的文件.fasta] -l [数据库文件夹] -o [输出文件名] -m [评估模式] [其他一些选项]BUSCO评估结果：一般情况下对于完整度较好的基因组组装结果来讲，Complete and single-copy越多越好，而Complete and dup 阅读全文

摘要： tar -xzvf file.tar.gz 参考来源： https://www.cnblogs.com/wangluochong/p/7194037.html 阅读全文

摘要： qstat -j jobs号 参考来源： https://www.osc.edu/supercomputing/batch-processing-at-osc/monitoring-and-managing-your-job 阅读全文

摘要： 在2~50行首添加//号注释 :2,50 s/^/#/g 在2~50行首删除//号 :2,50 s/^#//g 参考来源： https://www.cnblogs.com/Dennis-mi/articles/5939635.html 阅读全文

摘要： :n 参考来源： https://blog.csdn.net/u011848617/article/details/38434359 阅读全文

摘要： 横轴为read长度，纵轴为质量得分，Q = -10*log10（error P）。 柱状表示该位置所有序列的测序质量的统计，柱状是25%~75%区间质量分布，error bar是10%~90%区间质量分布，蓝线表示平均数。一般要求所有位置的10%分位数大于20，即大于最多允许该位置10%的序列低于Q 阅读全文

摘要： 首先，利用准确度高的二代数据（NGS数据）构建简洁的de Bruijn Graph（DBG）；然后，依次对每条PacBio长读长Reads进行纠错。 trim校正后的PacBio序列 lordec-trim -i CorrectHQ.fa -o lordec_trimmed_reads.fa tri 阅读全文

摘要： 使用DBG2OLC软件利用二代和三代数据混合的基因组组装： 使用DBG2OLC找Contigs序列和Pacbio reads的Overlap并进行Layout DBG2OLC通过比较contigs和Pacbio reads之间的overlap，将contigs序列定位到Pacbio reads上，将 阅读全文