BPSO_Mynotes

摘要： samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。 faidx: 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。 对基因组文件建立索引 $ samtools faidx genome.fasta 生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件， 阅读全文

摘要： bwa，即Burrows-Wheeler-Alignment Tool 用法： 在进行 reads 的比对前，需要对 fasta 文件构建 FM-index。 BWA命令中可以分别调用这三个算法，如：aln/samse/sampe for BWA-backtrack BWA-bactrack: 用于 阅读全文

摘要： SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示。 aln格式，是比对视图化的展示，存储的信息不够结构化，无法方便的作为另外程序的输入。 SAM则： 非常多序列（read)，mapping到多个参考基因组（refe 阅读全文

摘要： 做基因组拼接时，有时候已经获得了contig或者scaffold， 这时如果需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话， 可以使用SSPACE软件，它可以利用Pair-End（PE）和Mate-Pair（MP）的二代数据将已有的contig或者sc 阅读全文

摘要： bam文件是Sam 文件的二进制压缩格式，保留了与sam 完成相同的内容信息。 BAM 文件是压缩的二进制文件，对文件内容排序之后相似的内容排在一起，使得文件压缩比提高了，因此排序之后的 BAM 文件变小了， 相对应的 SAM 文件就是纯文本文件，对 SAM 文件进行排序就不会改变文件大小。 参考来 阅读全文

摘要： cat是concatenate的缩写，意为串联。 cat命令两个常用的用法是： cat file1.txt file2.txt file3.txt > file_total.txt 命令可以将上面三个txt文件合并为一个名字为file_total.txt的文件 参考来源： https://www.c 阅读全文

摘要： grep -6 '关键词' 1.txt 参考来源： https://blog.csdn.net/weixin_34217711/article/details/93643630 阅读全文

摘要： 从第3000行开始，显示1000行。即显示3000~3999行 cat filename | tail -n +3000 | head -n 1000 参考来源： https://blog.csdn.net/u010963948/article/details/80408032 显示文件内容，从第 阅读全文

摘要： cat test1.txt | wc -l 参考来源： https://www.cnblogs.com/mikasama/p/8032389.html 阅读全文

摘要： gzip -d 压缩文件（注意： 原gz文件会被替换成解压后的fa文件） 参考来源： https://blog.csdn.net/zdx1515888659/article/details/82841100 阅读全文