2020年7月30日

使用aspera从EBI下载fastq数据

摘要: 前面我们大量NGS相关教程视频免费发布在B站,都是使用NCBI的SRA数据库下载sra文件后转为fastq进行NGS分析流程,其实是因为我本人一直不在中国大陆,所以没有网络问题。但是学生们不一样,同样的命令他们prefetch的下载比蜗牛还慢,即使加上aspera后也会面临sra文件转为fastq的 阅读全文

posted @ 2020-07-30 10:42 BPSO_mynotes 阅读(1783) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GTF/GFF文件的差异及其相互转换

摘要: GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组。GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释。 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 123456789 refere 阅读全文

posted @ 2020-07-30 10:38 BPSO_mynotes 阅读(1358) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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