2020年5月14日

PAML软件中的mcmctree命令估算物种分歧时间

摘要： 使用PAML进行分歧时间计算 PAML软件中的mcmctree命令可以使用Bayesian方法估算物种分歧时间。 对程序输入带有校准点信息的有根树、多序列比对结果，即可得到进化树各内部节点95%置信区间分歧时间信息。 PAML软件也能利用带有枝长信息的树，快速进行分歧时间计算。 1. 输入文件（1/ 阅读全文

posted @ 2020-05-14 19:06 BPSO_mynotes 阅读(19068) 评论(1) 推荐(0) 编辑

OrthoMCL及orthofinder 两种软件进行聚类分析

摘要： OrthoMCL介绍 1. OrthoMCL的用途 基于序列的相似性，OrthoMCL能将一组proteins（比如全基因组的proteins）归类到ortholog groups、in-paralogs groups和co-orthologs。 2. OrthoMCL-DB OrthoMCL-DB 阅读全文

posted @ 2020-05-14 18:54 BPSO_mynotes 阅读(4478) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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