2019年11月29日

二代测序的插入片段

摘要： 在NGS技术发展起来前指的是把一段DNA序列插入到大肠杆菌的基因组中，利用大肠杆菌的自我增殖和克隆达到扩增这一个DNA序列的目的。 在二代短序列高通量测序中这个插入片段体现在构建适当的DNA测序文库中，先利用超声或者酶切技术把细胞中提取出的一堆乱糟糟DNA打断后末端修复，把分叉的末端序列修平；然后跑 阅读全文

posted @ 2019-11-29 16:55 BPSO_mynotes 阅读(7540) 评论(0) 推荐(0) 编辑

三代组装工具NextDenovo

摘要： NextDenovo是用于三代测序reads（TGS reads）的基于字符串图（string graph）的基因组从头组装程序。 NextDenovo包含两个核心模块：NextCorrect和NextGraph， NextCorrect用于校正具有大约15％测序错误的TGS reads， Next 阅读全文

posted @ 2019-11-29 15:58 BPSO_mynotes 阅读(1450) 评论(0) 推荐(0) 编辑

三代测序组装工具canu

摘要： canu延续了celera Assembler工具的组装原理，采用Overlap-Layout-Consensus，也就是利用序列与序列之间的交叠进行组装。 第一步： 纠错(correct) 覆盖倍数越多，越能提供更多可靠的信息，对应修正碱基越有利 第二步： 修剪(trim) 移除低质量碱基。 第三 阅读全文

posted @ 2019-11-29 15:02 BPSO_mynotes 阅读(428) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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