2019年9月6日

PacBio长序列纠错软件之LoRDEC

摘要： 首先，利用准确度高的二代数据（NGS数据）构建简洁的de Bruijn Graph（DBG）；然后，依次对每条PacBio长读长Reads进行纠错。 trim校正后的PacBio序列 lordec-trim -i CorrectHQ.fa -o lordec_trimmed_reads.fa tri 阅读全文

posted @ 2019-09-06 16:34 BPSO_mynotes 阅读(500) 评论(0) 推荐(0) 编辑

使用DBG2OLC对二、三代数据进行基因组混装

摘要： 使用DBG2OLC软件利用二代和三代数据混合的基因组组装： 使用DBG2OLC找Contigs序列和Pacbio reads的Overlap并进行Layout DBG2OLC通过比较contigs和Pacbio reads之间的overlap，将contigs序列定位到Pacbio reads上，将 阅读全文

posted @ 2019-09-06 15:25 BPSO_mynotes 阅读(1127) 评论(0) 推荐(0) 编辑

read、contig和Scaffold分别是什么

摘要： 1.什么是Reads? 高通量测序平台产生的序列就称为reads。 2.什么是Contig？ 拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。 3.什么是Scaffold？ 基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 阅读全文

posted @ 2019-09-06 10:36 BPSO_mynotes 阅读(1734) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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