soap.coverage

 

 

SOAPaligner/soap2是SOAP(Short Oligonuclotide Analysis package)的一个主要成员， 它是SOAP 的一个升级版本， 新的程序的特征提高了运行速度和对Illumina/Solexa GenomeAnalyzer的大数据量的比对的精确度.与soap 版本1进行比较，远远提高了运行速度，只需要2 分钟就可以实现人类基因组参考序列的1M读长的比对， 另一个soap2的改进是可以同时支持不同长度的读长。

SOAPaligner通过在数据结构和算法上的优化而实现时间和空间上的高度有效性。他的核心算法和索引的数据结构(2way-BWT)是由香港大学的计算科学算法研究组实现的(T.W.Lam, Alan Tam, Simon Wong, Edward Wu and S.M. Yiu)

 

soap coverage 能够计算序列的物理覆盖度以及重复率和详细的特定片段以及整个基因组，可以使用SOAP, BLAT, BLAsT, BlastZm mummer 和MAQ联配的多线程结果。

soap.coverage: version 2.77

Release2.19, 07-13-2009

for GNU Linux x86_64

 

 

 

 

 

来源：http://blog.sina.com.cn/s/blog_70b2b6020100lf29.html