Flye 三代组装

 

Flye: 原始 PB / ONT reads 作为输入文件，输出 polished contigs文件

 

Genome	Data	Asm.Size	NG50	CPU time	RAM

Human CHM1

PB 100x

2.8 Gb

18.8 Mb

2700 h

676 Gb

 

CHM1 was run with --asm-overage 40

 

Flye使用重复图作为核心数据结构。与de Bruijn图（需要精确的k-mer匹配）不同，重复图的边表示基因组序列，节点定义了连接点。每个边分为独特的或重复的。基因组以未知方式遍历图，因此每个唯一的边在遍历中恰好出现一次。重复图揭示了基因组的重复结构，这有助于重建最佳装配。

 

参考来源：

https://github.com/fenderglass/Flye