SSPACE:一款专门做scaffolding的软件

做基因组拼接时，有时候已经获得了contig或者scaffold，

这时如果需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话，

可以使用SSPACE软件，它可以利用Pair-End（PE）和Mate-Pair（MP）的二代数据将已有的contig或者scaffold连接成更大的scaffold，

该软件还能利用PE或者MP的数据对已有的contig或者scaffold进行延伸（或者填补部分的gap）。

 

参考来源

https://www.plob.org/article/322.html

 

软件参数解释：

http://www.chenlianfu.com/?p=2120