11 2019 档案

EndnoteX9 参考文献不显示期刊问题
摘要:1. 下载正确的EndNoteImport.enf文件 https://endnote.com/wp-content/uploads/plugins/filters/EndNote%20Import.enf 放入endnoteX9安装目录下filter文件夹替换原文件 2. 删除reference文 阅读全文

posted @ 2019-11-30 01:21 BPSO_mynotes 阅读(8089) 评论(0) 推荐(0)

二代测序的插入片段
摘要:在NGS技术发展起来前指的是把一段DNA序列插入到大肠杆菌的基因组中,利用大肠杆菌的自我增殖和克隆达到扩增这一个DNA序列的目的。 在二代短序列高通量测序中这个插入片段体现在构建适当的DNA测序文库中,先利用超声或者酶切技术把细胞中提取出的一堆乱糟糟DNA打断后末端修复,把分叉的末端序列修平;然后跑 阅读全文

posted @ 2019-11-29 16:55 BPSO_mynotes 阅读(7750) 评论(0) 推荐(0)

三代组装工具NextDenovo
摘要:NextDenovo是用于三代测序reads(TGS reads)的基于字符串图(string graph)的基因组从头组装程序。 NextDenovo包含两个核心模块:NextCorrect和NextGraph, NextCorrect用于校正具有大约15%测序错误的TGS reads, Next 阅读全文

posted @ 2019-11-29 15:58 BPSO_mynotes 阅读(1654) 评论(0) 推荐(0)

三代测序组装工具canu
摘要:canu延续了celera Assembler工具的组装原理,采用Overlap-Layout-Consensus,也就是利用序列与序列之间的交叠进行组装。 第一步: 纠错(correct) 覆盖倍数越多,越能提供更多可靠的信息,对应修正碱基越有利 第二步: 修剪(trim) 移除低质量碱基。 第三 阅读全文

posted @ 2019-11-29 15:02 BPSO_mynotes 阅读(537) 评论(0) 推荐(0)

LTA, LPS, PG, S. aureus, E. coli, V. harveyi, β-1,3-Glucan
摘要:Lipoteichoic acid (LTA) is a major constituent of the cell wall of gram-positive bacteria. Lipopolysaccharides (LPS) are found in the outer membrane o 阅读全文

posted @ 2019-11-27 09:37 BPSO_mynotes 阅读(216) 评论(0) 推荐(0)

核苷酸转换氨基酸、多序列比对
摘要:https://www.ebi.ac.uk/Tools/st/ #该工具比对结果和NCBI核苷酸翻译成蛋白质的结果不一样 http://www.novopro.cn/tools/translate.html #首选这个工具,和NCBI结果一致 https://mafft.cbrc.jp/alignm 阅读全文

posted @ 2019-11-16 10:24 BPSO_mynotes 阅读(1741) 评论(0) 推荐(0)

platanus & DBG2OLC
摘要:Platanus, that can effectively manage high-throughput data from heterozygous samples. Platanus assembles DNA fragments (reads) into contigs by constru 阅读全文

posted @ 2019-11-07 10:08 BPSO_mynotes 阅读(170) 评论(0) 推荐(0)

sed删除含指定关键字的行并删除空格多行变单行, 全局修改指定字符串,打印指定几行
摘要:先删除文件a.txt中带有某个字符串xxx的所有行 a.txt sed -e '/xxx/d' a.txt 打印出来, 文件中包含关键字xxx的行都不会显示 如使用-i参数就是直接修改文件了 或 grep -v XXX a.txt 然后对已处理后的a.txt 多行变单行,删除空格 awk '{pri 阅读全文

posted @ 2019-11-06 11:30 BPSO_mynotes 阅读(1202) 评论(0) 推荐(0)

Flye 三代组装
摘要:Flye: 原始 PB / ONT reads 作为输入文件,输出 polished contigs文件 GenomeDataAsm.SizeNG50CPU timeRAM Human CHM1 PB 100x 2.8 Gb 18.8 Mb 2700 h 676 Gb CHM1 was run wi 阅读全文

posted @ 2019-11-05 09:53 BPSO_mynotes 阅读(1412) 评论(0) 推荐(0)

line XX: 12364 Killed 报错
摘要:任务/程序运行后log文件报错:/my_path/daily_task.sh: line 19: 12364 Killed 原因:代码触发 out-of-memory (OOM) errors事件后,kernel杀死了进程 一般处理方法:查看/my_path/daily_task.sh文件的第19行 阅读全文

posted @ 2019-11-05 09:45 BPSO_mynotes 阅读(853) 评论(0) 推荐(0)

导航