摘要： ggplot2 Elegant Graphics for Data Analysis，用于数据分析的精美图形 ggplot2是一个用于数据统计和绘图的R包与其它绘图包不同，ggplot2有自己的基础语法 ggplot2的逻辑就是基于图层的概念，把一张统计图中涵盖的元素按属性可以分成5大类： 几何对象 阅读全文

摘要： 什么是 R？ R 是用于统计和作图的免费软件可在各种 UNIX 平台、Windows 和 MacOS 上编译和运行 R 的组成 一种语言、带有图形的运行环境、调试器、访问某些系统功能以及运行脚本文件中程序的能力 R 的安装 R installation on Unix-likeR installat 阅读全文

摘要： 「子程序」 用户自定义的函数，调用子程序也叫做呼叫（calling）子程序函数名由字母、数字和下划线组成，但是不能以数字开头 sub subroutine{ statements; } #举个例子，定义一个寻找最大值的子程序 sub getMaximun{ my @array=sort {$a <= 阅读全文

摘要： 「环境」 -w显示程序中出现的一些警告，方便debug #!/usr/bin/perl -w 「基础语法」 perl -e 'print "hello world!\n"' hello world! 「创建perl脚本」 vi hello_world.pl # 进入输入模式键入以下内容，并保存退出 阅读全文

摘要： Linux basics Linux系统下一切皆是文件，Linux文件系统包含排列在磁盘或其他区块存储设备目录中的文件 Linux文件系统是一个树状结构，以“/”目录为根目录我们通过安装并且调用tree可以查看Linux文件系统的结构 #-d参数表示查看目录，-L参数表示查看的层级 tree -d 阅读全文

摘要： Linux环境的配置 Windows子系统Linux虚拟机在线Linux服务器 Windows subsystem for Linux (WSL) 适用于Linux的Windows子系统 系统版本需要满足 Windows 10 版本 2004 及更高版本（内部版本 19041 及更高版本） Wind 阅读全文

摘要： 一、为何需要生物数据库？ 上期在介绍GenBank格式时举了新冠病毒基因组的例子，仅一个S基因就长达3822 nt（nucleotide，这里指核苷酸数），基因组全长接近3万个碱基。 LOCUS NC_045512 29903 bp ss-RNA linear VRL 18-JUL-2020 ... 阅读全文

摘要： 从直觉上看，数据貌似很好理解，但真正要说清楚数据这个词却有点困难。 想一想，数据到底是什么呢？ 数据的定义实际上包含两方面内容，即信息的符号和设计。 其中信息的设计，也就是数据的格式，决定了读者从中获取有效信息的难易程度。 人们经常忽略的一个事实——数据的格式和数据本身同等重要。 生物信息学中的数据 阅读全文

摘要： 1 Circos简介 Circos是一个非常酷炫的基因组数据可视化软件，能够将基因组数据映射到环形的基因组坐标上，用相互嵌套的环道来展示基因组数据，还可以通过连接线来呈现基因组区块之间的关系。Circos的开发者是一位加拿大的生物信息学家Martin Krzywinski，值得一提的是，他还是一位专 阅读全文

摘要： Circos是使用Perl语言编写，采用GPL许可，可以运行于任何有Perl语言解释器的操作系统的免费软件。Circos本身不进行数据处理，所以在Windows上安装，更方便编辑纯文本的配置文件，同时查看圈图输出的图片(PNG)或矢量图片(SVG)的再次调试。 软件下载：Circos：http:// 阅读全文