08 2024 档案

摘要:前序课程1 前序课程2 场景简述 蛋白与配体对接后,采用通常的分子动力学模拟,通常会采样得到势阱附近的大量结构(如下图左L-P),即蛋白-配体结合构象的平均系综。如果想要探究蛋白-配体解离过程,需要克服一个解离能垒,去到L-P*,甚至更远的L+P解离状态。这时候静候模拟体系自然地运动过去是不现实的( 阅读全文
posted @ 2024-08-22 16:11 猫东 阅读(101) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:前序课程1 前序课程2 目录 应用场景简述;- [ Done ] DSDP:蛋白-配体对接;- [ Done ] XPONGE:蛋白-配体建模,加溶剂;- [ Done ] SPONGE:能量极小化-NVT-NPT-正式模拟;- [ Done ] XPONGE:数据简单后处理。 5. XPONGE: 阅读全文
posted @ 2024-08-02 13:54 猫东 阅读(154) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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